Sumber daya genetik sapi Pasundan di wilayah pesisir selatan Jawa Barat mengalami penurunan populasi. Salah satu dampak dari penurunan populasi ternak adalah degradasi kualitas dan kemurnian ternak. Penelitian tentang jarak genetik populasi sapi pasundan antar wilayah Pangandaran, Tasikmalaya dan Garut, Jawa Barat bertujuan mengetahui deskripsi dan hubungan kekerabatan populasi sapi Pasundan di wilayah pesisir selatan Jawa Barat dengan menggunakan pendekatan kraniometri. Penelitian dilaksanakan pada September sampai Desember 2018. Analisis data menggunakan analisis deskripstif dan analisis kluster melalui software SPSS 16. Hasil penelitian menunjukkan ukuran-ukuran kranium antar populasi tidak memiliki perbedaan yang nyata (P>0.05). Jarak genetik antar populasi pada wilayah Pangandaran, Tasikmalaya dan Garut Jawa Barat berdasarkan jarak Euclidean menggunakan Cluster Analysis menunjukkan hubungan kekerabatan antar populasi yang masih tinggi. Penurunan populasi antar wilayah basis populasi sapi pasundan di wilayah pesisir selatan Jawa Barat belum menunjukkan adanya degradasi genetik. Namun perlu adanya antisipasi dalam meningkatkan ukuran populasi efektif melalui aplikasi teknologi bioreproduksi seperti super ovulasi dan inseminasi buatan menggunakan sperma pejantan sapi pasundan yang telah diproduksi oleh Pemerintah Provinsi Jawa Barat.