Óbitos por infecções causadas por protozoários intestinais são indesejáveis para programas de manejo de fauna, exigidos no âmbito do licenciamento ambiental e que demandam a captura e quarentena de primatas não humanos. Exames coproparasitológicos, necroscópicos, microbiológicos e moleculares foram utilizados para a confirmação do diagnóstico de uma severa enterite necrótica que levou a óbito três fêmeas e dois machos de Alouatta (A.) caraya capturados e mantidos em quarentena prévia à translocação. Exames coproparasitológicos revelaram a presença de cistos de Entamoeba (E.) histolytica/dispar (5/5), Entamoeba (E.) coli (5/5) e Giardia (G.) duodenalis (1/5). A avaliação necroscópica revelou áreas de necrose multifocal severa na mucosa e submucosa intestinal. A análise microscópica revelou a presença de estruturas morfologicamente compatíveis com trofozoítos do gênero Entamoeba spp. em todos os indivíduos examinados. Além disso, G. duodenalis (1/5) foi demonstrada pela técnica de Nested PCR. Sugere-se que quando for necessário o cativeiro temporário de primatas, deverão ser adotados protocolos de manejo adequados buscando a destinação imediata dos animais, de moto a mitigar os efeitos negativos do estresse e reduzir o risco da ocorrência de infecções.
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