RESUMO Objetivo Verificar a ocorrência e associar a presença dos hábitos orais deletérios com as estruturas e funções do Sistema Estomatognático, quanto aos aspectos de fala, oclusão e respiração, na percepção dos responsáveis. Método Estudo transversal, de caráter exploratório. A amostra, não probabilística, foi composta por 289 crianças de zero a 12 anos atendidas em uma unidade de estratégia de saúde da família. Os dados foram obtidos através de um questionário de identificação de hábitos deletérios aplicado com os responsáveis pelas crianças. Os resultados foram considerados a um nível de significância de 5% e as análises foram realizadas utilizando o programa SPSS versão 19.0 e o teste Quiquadrado de associação para análise das variáveis categóricas. Resultados O índice de aleitamento materno foi de 85%, entretanto, apenas 32,4% foram amamentados exclusivamente até os seis meses. Os hábitos mais prevalentes e mantidos atualmente foram a mamadeira (28,62%) e a chupeta (23,18%) convencional. Houve associação significativa (p=0,001) entre o fato de a criança permanecer com a boca aberta e respirar de modo oral e oronasal. A presença de hábitos como a mamadeira (p=0,016) e a chupeta (p=0,001) ortodôntica estava relacionada ao modo respiratório relatado. O tempo de manutenção dos hábitos estava associado à percepção da presença de alterações na fala (p=0,046); e oclusais (p=0,014). Conclusão A presença e a manutenção de hábitos orais deletérios mostraram-se associadas à percepção da presença de alterações nas estruturas e funções do Sistema Estomatognático de alterações de oclusão, respiração e fala, representando parcela importante da demanda por reabilitação.