La aplicación de fungicidas sintéticos es una práctica común en el control de hongos fitopatógenos. Sin embargo, su uso de manera indiscriminada ha traído problemas para la salud humana, animal, medio ambiente y ha generado resistencia en los fitopatógenos. En la búsqueda de alternativas, el control biológico usando microorganismos puede ser una opción eficiente al uso de fungicidas sintéticos. Aunque bacterias y levaduras aisladas de suelo y plantas han sido evaluadas como agentes de control biológico, la búsqueda de nuevos antagonistas continúa. La microflora oceánica puede ser una opción para la selección de nuevos agentes antagonistas. El objetivo de este estudio fue evaluar el potencial antagónico de diferentes bacterias (Stenotrophomonas rhizophila, Bacillus amyloliquefaciens y B. subtilis) y levaduras (Debaryomyces hansenii, Cryptococcus diffluens y Rhodotorula minuta) aisladas previamente de una laguna hiperhialina contra 13 hongos fitopatógenos de importancia agronómica. Los resultados muestran que diferentes cepas de la bacteria S. rhizophila fueron las que ejercieron mayor inhibición sobre la germinación de esporas y crecimiento micelial de todos los hongos fitopatógenos, superando a los tratamientos con fungicidas sintéticos. Dentro de las levaduras destacaron las cepas de D. hansenii. De acuerdo con su capacidad antagónica, los microorganismos marinos pueden ser una opción para el manejo de enfermedades ocasionadas por hongos fitopatógenos.