Program stop buang air besar sembarangan(SBABS) merupakan program sanitasi total berbasis masyarakat yang membudayakan perilaku hidup bersih dan sehat, mencegah penyebaran penyakit berbasis lingkungan, meningkatkan kemampuan masyarakat merubah perilaku untuk tidak melakukan aktivitas buang air besar sembarangan. Tujuan penelitian ini untuk menganalisis pengaruh program stop buang besar sembarangan terhadap pencegahan stunting anak baduta di Kabupaten Banggai dan Sigi. Desain penelitian yang digunakan case control. Penelitian dilaksanakan pada wilayah pelaksanaan program stop buang air besar di Sulawesi Tengah dengan prevalensi stunting yang tinggi yaitu Kabupaten Banggai dan Sigi pada tanggal 8 September hingga 7 Oktober 2016. Sampel sebanyak 352 orang anak usia 1-2 Tahun. Pengambilan sampel dengan metode consecutive sampling. Uji perbedaan menggunakan uji Mann-Whitney U. Hasil analisis menunjukkan proporsi baduta stunting sebesar 15,6%. Jumlah sampel pada kelompok SBABS sebanyak 116 orang (33,0%) dengan rerata tinggi badan-0,36±1,6 sedangkan pada kelompok non SBABS sebanyak 236 orang (67,0%) dengan rerata tinggi badan-0,94±1,5. Terdapat perbedaan yang bermakna antara pertumbuhan baduta kelompok SBABS dengan non SBABS (p=0,002). Program stop buang air besar sembarangan mencegah stunting anak baduta di Kabupaten Banggai dan Sigi.