Objetivo. Evaluar las condiciones del ambiente oral de distintos sectores de la boca de pacientes previo y durante el tratamiento ortodóntico. Métodos. Estudio prospectivo en 46 pacientes con tratamiento de ortodoncia fija. Los parámetros clínicos, microbiológicos de saliva y placa bacteriana fueron registrados antes del tratamiento (t0) y a los 45 (t1), 90 (t2) y 135 días (t3) del inicio. Resultados. Antes del tratamiento se registraron valores elevados del componente “cariados” del índice CPO-D y niveles regulares del IHOs. El 57% de los pacientes mostró apiñamiento dental inferior. Durante el tratamiento, el índice de placa ortodóntica IPO disminuyó respecto al IHOs a t0, aunque mantuvo valores no deseables para la salud bucal (p=0,001). La capacidad amortiguadora disminuyó en t1 y t2 pero recuperó los valores iniciales en t3 (p=0,001). Se aislaron Streptococcus mutans, Candida albicans y Lactobacillus en todas las muestras de placa bacteriana, con un aumento significativo en el sector posterior (p<0,0001). Los niveles de S. mutans, Lactobacillus y α-amilasa salival en la placa bacteriana de la zona posterior aumentaron durante el tratamiento (p =0,0002; p=0,002 y p=0,0059, respectivamente). Conclusiones. La conjunción de factores de riesgo cariogénico, tales como apiñamiento dental, baja capacidad amortiguadora salival, altos niveles de α-amilasa y S. mutans en la placa bacteriana, altos valores de IPO y el bajo flujo salival a tiempos cortos, demuestra la importancia del monitoreo individualizado de los pacientes al inicio el tratamiento ortodóntico, en especial en los sectores bucales de difícil acceso para la higiene bucal.