La estimación de carbono en la biomasa subterránea es fundamental para la comprensión de la dinámica de carbono en los bosques. Se cuantificó el carbono en las raíces en un bosque de pino y en un bosque mesófilo de montaña en la Sierra de Manantlán, México. Se tomaron muestras de suelo a 30 cm de profundidad para la extracción de las raíces y su posterior clasificación en finas (< 2 mm) y gruesas (> 2 mm), así como para la determinación de la densidad aparente y la humedad del suelo. Para el análisis estadístico se realizó la prueba t de Student con un nivel de significancia p < 0.05. En el bosque de pino las raíces almacenaron 3.51 Mg ha-1 ± 0.92 Mg ha-1 de carbono, valor significativamente menor al de bosque mesófilo de montaña con 4.98 Mg ha-1 ± 1.29 Mg ha-1. El cociente del carbono almacenado entre las raíces finas y gruesas fue 0.86 para bosque de pino y 0.78 para bosque mesófilo, respectivamente. No se observó diferencia significativa en el carbono almacenado entre las raíces finas de los dos tipos de bosque; para las raíces gruesas el contenido de carbono fue mayor en el bosque mesófilo. La densidad aparente y la humedad del suelo en el bosque de pino fueron de 0.73 g cm-3 y 23.42%, para el bosque mesófilo de montaña se estimaron valores de 0.59 g cm-3 y 29.93%, respectivamente. Con estos datos se obtiene una mayor comprensión de la distribución de carbono en las raíces para diferentes tipos de vegetación.