Los sistemas agroforestales (SAF) de café son consideradas áreas que incrementan la biodiversidad de especies tanto de flora y fauna, son fuentes de ingresos económicos para las comunidades que los trabajan, así como de múltiples servicios ambientales. Con el objetivo de conocer la influencia del manejo en los SAF de café en la diversidad de especies arbóreas, se describió la composición, estructura y diversidad del estrato arbóreo en dos cafetales rusticanos, bajo condiciones de manejo: cafetal activo (CA) y cafetal abandonado (CAb), en Jocotepec, región Costa de Oaxaca. En cada condición de manejo se situaron cuatro unidades de estudio de 20 × 30 m (0.06 ha). A todos los individuos arbóreos a partir de 1.30 m del suelo se les registró el diámetro normal (DN) ≥ 2.5 cm, altura total y cobertura de copa. Se evaluó la riqueza, estructura vertical, horizontal, Índices de Valor de Importancia y Forestal (IVI e IVF); diversidad con los Índices de Simpson modificado por Pielou (1-D) y Shannon-Weaver (H´) y la equidad (E), dominancia (D) y Similitud. Se obtuvo una riqueza de 35 especies para el CA y 31 en CAb; las principales familias taxonómicas fueron Fabaceae, Lauraceae y Moraceae. En ambas condiciones de manejo la categoría diamétrica 5 (2.5‑7.5 cm) superó en número de individuos arbóreos, con una distribución de alturas que reveló la existencia de dos estratos verticales. Las especies que presentaron un alto IVI e IVF en CA fueron: Cedrela odorata, Tabebuia rosea y Quercus crispifolia y para el CAb: Quercus sp., Ficus tecolutensis y Ocotea helicterifolia. Entre CA y CAb no se presentaron diferencias en las variables evaluadas, 1-D, H´, E y D. La similitud florística entre condiciones fue del 52%.