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Resumo-Diversos metódos heurísticos vêm sendo aplicados com sucessoà predição de estruturas de proteínas utilizando modelos simplificados para a representação do problema. Estes metódos geralmente buscam a estrutura de uma proteína em que a energia livre seja mínima. Este estudo avalia a aplicação de algoritmos genéticos multiobjetivo combinados com uma representação relativa para o modelo de predição 2D-HP. Experimentos foram conduzidos com dois algoritmos bem conhecidos: Non-dominated sorting Genetic Algorithm II (NSGAII) e Indicator-Based Evolutionary Algorithm (IBEA). Os algoritmos foram avaliados e comparados utilizando diferentes operadores genéticos.