Resumo Esta pesquisa trata da composição e da ocorrência de espécies de macrófitas aquáticas em área de proteção ambiental e áreas não protegidas, que compõem o conjunto de lagos do Vale do Rio Doce em Minas Gerais, terceiro maior sistema lacustre brasileiro. As informações foram levantadas a partir de publicações, material depositado em herbários e coletas botânicas entre os anos de 2007 e 2010, em ambientes aquáticos localizados no Parque Estadual do Rio Doce (PERD) e zona de amortecimento. Foram registradas 184 espécies pertencentes a distintos grupos taxonômicos, hábitos e formas biológicas, sendo aqui proposta a criação de uma nova categoria destas, designada embalsada, para contemplar plantas que se estabelecem em ilhas flutuantes. A pesquisa contribuiu com 152 novas citações para o Vale do Rio Doce em Minas Gerais, com dois primeiros registros nesse estado e com a descrição de uma espécie inédita para a ciência. A similaridade florística entre áreas protegidas e não protegidas indicou que o PERD guarda 74% das espécies de macrófitas aquáticas encontradas. Entretanto, 26% do total de espécies estão desprotegidas, pois não ocorrem nessa unidade de conservação.