La Colección de Mamíferos asociada al Museo de Ciencias Naturales Federico Carlos Lehmann Valencia (IMCN), hace parte de las colecciones zoológicas de referencia científica del INCIVA, Instituto para la investigación y la preservación del patrimonio natural y cultural del Valle del Cauca. La colección de mamíferos de referencia cuenta con 166 especímenes, pertenecientes a 8 órdenes, 25 familias, 57 géneros y 64 especies. Los especímenes proceden de 8 departamentos de Colombia y 1 estado de Estados Unidos. El Museo de Ciencias Naturales adicionalmente cuenta con una colección de mamíferos de exhibición, donde hay reporte de 155 especímenes de mamíferos, agrupados en 11 órdenes, 35 familias, 64 géneros y 80 especies. Se resalta la representación en las colecciones de especies como Cebuella pygmaea, Cycoples didactylus, Megaptera novaeangliae, Puma concolor, Panthera onca, Tremarctos ornatus y Tapirus pinchaque.