Se comparó la calidad ecológica del río Tota durante agosto 2007 y febrero 2008, y el curso alto del río Bogotá entre los meses de octubre 2013 y enero 2014, aplicando los índices BMWP/Col y ABI. Los puntos de muestreo corresponden a la parte alta, media y baja del gradiente longitudinal. En el río Tota se determinaron 27 familias correspondientes a 11 órdenes, donde las más abundantes fueron Baetidae (25,43 %), Leptohyphidae (16,43 %), Naididae (13,76 %), Chironomidae (11,42 %) y Hyalellidae (10,30 %).  En el curso alto del río Bogotá se determinaron 32 familias correspondientes a 13 órdenes, y las más abundantes fueron Chironomidae (28,94 %), Leptoceridae (25,20 %), Naididae (18,34 %) y Simuliidae (8,63 %). En el río Tota, El BMWP/Col. presentó una calidad de agua buena, mientras que el ABI presentó una calidad aceptable.  Por otra parte, en la parte alta del Río Bogotá, tanto el BMWP/Col. como el ABI presentaron variaciones en la calidad del agua entre aceptable y muy crítica. El ACC para el río Tota mostró correlaciones entre la temperatura y conductividad con las familias Hyalellidae y Leptohyphidae mientras que el caudal se relaciona Sphaeriidae. Mientras que el curso alto del río Bogotá se correlacionó el caudal, conductividad y temperatura con la familia Veliidae. A manera de conclusión, los resultados obtenidos denotan que el índice ABI, que es un índice creado para sistemas andinos de montaña, es más sensible a los impactos que el índice BMWP/Col.