Dada la importancia que tiene el chile en el sureste de la república mexicana,los objetivos de la investigación fueron caracterizar molecularmente, estimar el polimorfismo y la estructura genética de 21 poblaciones de Capsicum spp. delos estados de Tabasco y Chiapas. Se sembraron semillas de las poblaciones ya los 40 días después de la germinación, se cortaron dos hojas jóvenes por planta de 10 individuosde cada población. Las 20 hojas de cada población se mezclaron y de ellas se tomarontres muestras de 0,5 g de tejido vegetal para extraer el ADN. Se usaron cuatro marcadores microsatélites (SSR) para estimar la diversidad genética. Se detectaron 229 alelos, de ellos 70 fueron polimórficos. El marcador Hpms1-106 detectó 38,8% de polimorfismo, y HpmsCaSIG-19 el menor polimorfismo (20,55%). El AMOVA explicó 13,0% de la variabilidad entre poblaciones, y losindividuos dentro de las poblaciones el 87,0% restante. El estadístico FST= 0,176 indicóque la diferenciación genética entre poblaciones es grande, el FIS= -0,448 que las poblaciones poseen exceso de heterocigotos, yelFIT= -0,193, que los individuos de cada población mostraron efecto moderado de apareamiento no aleatorio. El análisis clusteraglomeró a las poblaciones evaluadas en seis grupos. El clusterI agrupó 13 poblaciones, y dentro de éstas, Amashito Cerro Blanco y Colmillo deLagarto El Porvenir mostraron ser las más parecidas genéticamente. En el clusterVI, Pico de Paloma Miahuatlán fue diferente al resto de las poblaciones. Los marcadores microsatélites fueron útiles para analizar la diversidad genética de las poblaciones de chile evaluadas.