The accumulation of phytoplankton biomass measured as chlorophyll-a is highly depends on the availability of ammonia and silicate in the waters. The purpuses of the study were examining the concentration of chlorophyll-a and its relation with ammonia and silicate in the waters of Doreri Bay, Manokwari Regency, West Papua Province. Water sampling is carried out at 10 stations. Parameters measured include chlorophyll-a, ammonia and silicate. The measurement results of chlorophyll-a concentration ranged from 0.23-3.77 μg/L with an meanof 0.82 μg/L. Ammonia and silicate concentrations ranged from 2.35-4.11 μM with an mean of 2.64 μM and 2.00-7.50 μM with an mean of 3.91 μM, respectively. The relationships of chlorophyll-a concentration with ammonia and silicate showed positive and negative relationships, respectively.  Akumulasi biomasa fitoplankton yang diukur sebagai klorofil-a sangat tergantung pada ketersediaan amonia dan silikat di perairan. Penelitian bertujuan untuk mengetahui konsentrasi klorofil-a serta hubungannya dengan amonia dan silikat di perairan Teluk Doreri, Kabupaten Manokwari, Provinsi Papua Barat. Pengambilan contoh air dilakukan pada 10 stasiun. Parameter yang diukur meliputi klorofil-a, amonia dan silikat. Hasil pengukuran konsentrasi klorofil-a berkisar dari 0,23-3,77 μg/L dengan rata-rata sebesar 0,82 μg/L. Konsentrasi amonia dan silikat secara berturut-turut berkisar dari 2,35-4,11 μM dengan rata-rata sebesar 2,64 μM dan 2,00-7,50 μM dengan rata-rata sebesar 3,91μM. Hubungan konsentrasi klorofil-a dengan amonia dan silikat secara berturut-turut menunjukkan hubungan positif dan negatif.