The systematic research of amphipod genus Niphargus Schiødte, 1849 in Iran has begun only recently, and new field explorations result in discovery of new, yet undescribed species. Here we report on faunistic surveys in the Boyer-Ahmad Region that unveiled three species. Using molecular phylogeny (COI and 28S markers) and morphological analysis, we show that one species should be classified as the recently described N. persicus Esmaeili-Rineh, Sari, Fišer & Bargrizaneh, 2017, whereas the other two are new to Science. We show that both species, N. yasujensis n. sp. and N. nasrullahi n. sp., fall into the Middle East clade of species, as well as that both species are genetically and morphologically distinct from other species in the region. Both species are diagnosed, described and illustrated. rÉsUMÉ Les amphipodes des eaux souterraines du genre Niphargus Schiødte, 1834 dans la région de Boyer-Ahmad (Iran) avec la description de deux espèces nouvelles. Les recherches en systématique sur le genre d'amphipode Niphargus Schiødte, 1849 en Iran n'ont commencé que récemment, et de nouvelles études de terrain conduisent à la découverte d'espèces inédites non encore décrites. Dans le présent article, nous présentons les études faunistiques de la région de Boyer-Ahmad qui a révélé trois espèces. Par des analyses morphologiques et de phylogénie moléculaire (marqueurs COI et 28S), nous montrons que l'une des espèces peut être identifiée N. persicus Esmaeili-Rineh, Sari, Fišer & Bargrizaneh, 2017, nouvellement décrit, tandis que les deux autres sont nouvelles pour la Science. Ces deux espèces, N. yasujensis n. sp. et N. nasrullahi n. sp., appartiennent au clade des espèces du Moyen-Orient, et diffèrent tant génétiquement que morphologiquement des autres espèces de la région. Les deux espèces font l'objet d'une diagnose, d'une description et d'illustrations.