Обеспечение эколого-ориентированного оборота фекальных отходов пассажирских перевозок необходимо для сохранения экосистем, здоровья населения и устойчивого развития транспортных комплексов. История российских железнодорожных туалетных комплексов начинается с запуска первой железной дороги «Петербург-Царское Село» в 1837 г. В СССР с 1985 г. Министерство путей сообщения СССР задумалось о необходимости проведения опытно-конструкторских работ по созданию замкнутых систем сбора канализационных стоков для пассажирского подвижного состава. Комплекс научных работ по созданию систем и оборудования, обеспечивающих охрану окружающей среды от химического и биологического загрязнения был представлен в программе Железнодорожного транспорта на 1990-2000 гг. В статье рассмотрено негативное влияние фекальных отходов на окружающую среду и здоровье населения, а также проблемы, связанные с сервисным обслуживанием экологически чистых туалетных комплексов пассажирских вагонов. Изложены основные результаты технологического развития туалетных комплексов транспортных систем. Отмечена важность своевременного комплексного обеспечения (инфраструктурного, технического, организационно-экономического, нормативно-правового и нормативно-методического, кадрового, иного) технологического развития туалетных комплексов транспортной отрасли. В частности, рассмотрены некоторые актуальные проблемы инфраструктурного, нормативно-правового и нормативно-методического, организационно-экономического обеспечения эксплуатации и обслуживания экологически чистых туалетных комплексов. Для эффективного функционирования системы экологически чистых туалетных комплексов транспортных систем авторами предложено использовать организационно-методический инструментарий, который позволит систематически определять фактический уровень технологического развития системы обезвреживания фекальных отходов экологически чистых туалетных комплексов пассажирских поездов, разработать направления и мероприятия для повышения ее эколого-экономической эффективности. Ключевые слова: железнодорожный транспорт, комплексное обеспечение, охрана окружающей среды, пассажирские поезда, система обезвреживания, технологическое развитие, экологическая безопасность, экологически чистые туалетные комплексы, эколого-экономическое регулирование.