Hipóteses de que a endometriose cause infertilidade ou diminuição nas taxas de fecundidade, são fatos ainda controversos. Apesar de existir evidências que demonstram uma clara associação entre endometriose e infertilidade, uma relação de causa e efeito ainda não foi bem estabelecida. Há poucos problemas em infertilidade que apresentam complexidade tão avançada como aqueles relacionados à programação da terapia da mulher infértil com endometriose e, desta forma, o tratamento destas pacientes ainda apresenta um caráter empírico. Os efeitos adversos sobre cada componente ligado à reprodução foram revisados neste estudo. A forma mais correta de aconselhamento a estes casais, bem como os efeitos da endometriose sobre a fertilidade, permanecem incertos e necessitam serem melhor esclarecidos.