Os conhecimentos em embriologia são essenciais para compreender o desenvolvimento humano e animal, e socialmente relevantes devido sua relação com temas como gravidez, aborto, uso de drogas e avanços tecnológicos. Mas, sua abordagem na formação inicial de professores de Biologia necessita ser problematizada, uma vez que esse debate pode contribuir para esclarecimentos sobre necessidades formativas específicas do ensino de tópicos desse campo de estudo. Assim, por meio da Análise Textual Discursiva (ATD) das entrevistas com estudantes de licenciatura em Ciências Biológicas e identificação de suas percepções sobre o assunto, buscamos compreender os desafios sinalizados por estes e que precisam ser transpostos no contexto escolar e universitário. As falas desses estudantes revelaram dois grupos gerais de desafios: um sobre a escola, onde a embriologia foi tratada como uma área “esquecida”; e outro referente à universidade, na preparação específica para a docência e sobre as dificuldades encontradas por professores na seleção dos conteúdos. Esses dados nos mostram a importância de pesquisas como essas que podem, além de elucidar alguns desafios, discutir as relações entre os saberes docentes adquiridos na formação inicial dos professores de Biologia e sua atuação específica na Educação Básica, mediando o processo de ensino e aprendizagem dos alunos.