A systems engineering approach to model, tune and test synthetic gene circuits

Abstract

and Genetics. All of them are also acknowledged for accepting the author in their facilities as pre-doctoral stay and for their valuable collaboration sharing knowledge. iii To my family Luis, Mariana, Alejandro, Anahí, and my husband Alejandro. v encontrar mejor compañero de vida, gracias por todo mi vida!. Y muchas gracias también a toda mi nueva familia en Argentina. In this paragraph, I would like to thank several smart people who help me to understand and enjoy synthetic biology. Thanks to Dr. Daniel Georgiev and his crew at the Georgiev Lab-particularly Pavel o Pablito-for introducing me the Wet-lab techniques and the exciting life in the lab. Thanks to Dr. Gilberto Reynoso-Meza at the PPGEPS group for mentoring me about Multi-objective optimization principles, algorithms and their applications. Most important, thank you for your friendship and advise. Finally, I'd like to thank Prof. Dr. Ivo Sbalzarini and his MOSAIC research group-especially Dr. Pietro Incadorna-for providing me the valuable help with the Parallel Particle Mesh library to perform very fast stochastic simulations. Finalmente, a mis buenos amigos Vane y Juanpa que siempre me decían "ánimo, ya falta poco", muchas gracias por estar presentes y cuidar nuestra amistad, principalmente siempre sabré que podemos continuar con nuestras charlas de vida. Gracias por su amistad a Tati y Reyes, son una pareja maravillosa que han vuelto de València mi segundo hogar. A mis compañeros de La sala que ya no están: Jopipe, Diego, Jesusito, Iván Llopis y Manuel; y a quienes aún comparten conmigo: Vane-Vanessín o Vanessa con 2 s-, Henry, Alberto, JuanFer, Eslam, Clara, Iván y Fernando; les debo tantas risas, reuniones, viajes, congresos y hasta bodas. Innumerables experiencias que nunca pensé vivir, y que siempre recordaré. Finalmente, gracias a Roger porque aunque es el más joven, se ha convertido en gran amigo es estos dos últimos veranos. viii