Ecossistemas de águas transicionais vêm sofrendo com destruição e perda de biodiversidade devido a diversos impactos antropogênicos. Assembleias de peixes estuarinos foram descritas em métricas taxonômicas e funcionais e as variações temporais foram investigadas ao longo do tempo, durante e depois de uma dragagem e construção de um aterro na enseada do Saco dos Limões, litoral Sul do Brasil. Os peixes foram coletados por meio de arrasto de fundo. Na análise temporal sobre a ictiofauna, foram utilizadas ordenação multidimensional e análise de similaridade baseada na presença e ausência de espécies, famílias e abundância de espécies e guildas. Foram identificadas 78 espécies, distribuídas em 33 famílias. A espécie mais abundante foi Genidens genidens (25,9%) e Sciaenidae, com 16,7% do total das espécies identificadas, foi a família com maior riqueza (13 spp.). Espécies marinhas visitantes foram a guilda de uso do estuário mais representativa (44,1%) e zoobentívoros foram a guilda alimentar com maior número de espécies (61,5%). Métricas taxonômicas evidenciaram mudanças interanuais nas assembleias de peixes, o que pode estar relacionado às atividades de dragagem e ao aterro para a construção da rodovia na margem da enseada do Saco dos Limões. Métricas taxonômicas e funcionais podem ser empregadas com eficiência em trabalhos de monitoramento ambiental.Palavras-chave: ictiofauna, águas transicionais, guildas, diversidade taxonômica e funcional.