Allelic variation in candidate genes associated with wood properties of cultivated poplars (Populus)

Abstract

Introduction Since Populus has veritable value as timber, plywood, pulp, and paper, genomic research should create the sound basis for further breeding toward desirable wood quality attributes. Materials and methods In this study, we addressed the need for a research methodology that initially identifies and then characterize candidate genes encoding enzymes with wood property phenotypic traits, toward the aim of developing a genomics-based breeding technology. Results On 23 different poplar species/hybrid samples, we successfully amplified 55 primers designed on Populus trichocarpa L. Considering the number of polymorphic sites, out of 73,206 bp, 51 SNPs and 31 indel events were found. Non-synonymous single base mutations could be detected in number of 30, 21 out of 164 sequences were the number of minimum recombination events and 41 significant pairwise comparisons between loci could be detected. Discussion and conclusion Our results provide a roadmap for a future association genetic study between nucleotide diversity and precise evaluation of phenotype.

10th Hardwood Conference Proceedings

“…The comparisons were made as follows: Durvakérgű, Raspalje and Unal were compared with Populus deltoides; I-214, Koltay, Kornik-21 and Pannónia were compared with Populus nigra; Villafranca was compared with Populus alba Farkas 2016, Köbölkuti et al 2019) in Table 2. The genetic study of these clones show the same results regarding their parent species (Köbölkuti et al 2019). Based on the literature, the average MoR of the parent species are as follows: 65.0 MPa for P. nigra, 67.5 MPa for P. alba and 60.1 MPa for P. deltoides (Qibin Yu et al 2008, Meier 2022.…”

Az erdészeti tudományok története Magyarországon

“…Akár a szürke nyár, akár az euramerikai nyár fajták tekintetében fontos kutatási feladat a jövőbe tekintve az ipari felhasználhatóságot befolyásoló faanatómiai jellegek genetikai szabályozásának elemzése, a markerekre alapozott szelekció megalapozása. Ezzel kapcsolatos kutatások már napjainkban is folynak (Köbölkuti et al 2019;Cseke et al 2020).…”

Nemesnyár klónok faanyagtani jellemzőkhöz köthető génjeinek genetikai változatossága

“…Részben emiatt, illetve köszönhetően annak, hogy az SNP-k potenciálisan a legjobb genetikai markereknek tekinthetők, nagy számuk, valamint adaptív jellegekkel való kapcsolatuk okán (González-Martínez et al 2006), kutatásunkhoz ezt a módszert választottuk. Jelen tanulmányban a korábban közölt eredményeink (Köbölkuti et al 2019) összefoglalásán túl, bemutatjuk a kutatási területen tett további lépéseinket és kitérünk a jövőbeni alkalmazási lehetőségekre is. Az ismertetni kívánt kutatási feladataink a következők: 1) faanyagképzéssel kapcsolatos funkcionális gének azonosítása nyilvánosan elérhető genom adatbázis szekvencia adatai alapján, 2) primerek tervezése ezekre a génszakaszokra, 3) polimorf szekvenciák azonosítása a hazai nyártermesztésben alkalmazott nyár fajták genomjában, végül 4) "klónspecifikus" haplotípusok azonosítása a célrégiókban, későbbi, fenotípus adatokkal történő összehasonlító genetikai vizsgálatok megalapozása céljából.…”