An overview of basic molecular biology of SARS-CoV-2 and current COVID-19 prevention strategies

Das, Ankur; Ahmed, Raja; Akhtar, Suraiya; Begum, Khaleda; Banu, Sofia

doi:10.1016/j.genrep.2021.101122

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“…The protein contributes to viroporin activity, virus assembling, and the virus budding process. Based on the results of several studies, the nonstructural proteins encoded by genes positioned within the 5′-region of the virus genome, have a wide range of roles from host translation inhibition by NS1 to viral replication-transcription NS4 [12,13]. The main roles of the known nonstructural proteins of SARS-CoV-2 are summarized in Table 1.…”

Section: Molecular Biology Of Sars-cov-2mentioning

confidence: 99%

Evaluation of Drug Repositioning by Molecular Docking of Pharmaceutical Resources to Identification of Potential SARS-CoV-2 Viral Inhibitors

Hosseini¹,

Azin²,

Ofoghi³

et al. 2022

Drug Repurposing - Molecular Aspects and Therapeutic Applications

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Unfortunately, to date, there is no approved specific antiviral drug treatment against COVID-19. Due to the costly and time-consuming nature of the de novo drug discovery and development process, in recent days, the computational drug repositioning method has been highly regarded for accelerating the drug-discovery process. The selection of drug target molecule(s), preparation of an approved therapeutics agent library, and in silico evaluation of their affinity to the subjected target(s) are the main steps of a molecular docking-based drug repositioning process, which is the most common computational drug re-tasking process. In this chapter, after a review on origin, pathophysiology, molecular biology, and drug development strategies against COVID-19, recent advances, challenges as well as the future perspective of molecular docking-based drug repositioning for COVID-19 are discussed. Furthermore, as a case study, the molecular docking-based drug repurposing process was planned to screen the 3CLpro inhibitor(s) among the nine Food and Drug Administration (FDA)-approved antiviral protease inhibitors. The results demonstrated that Fosamprenavir had the highest binding affinity to 3CLpro and can be considered for more in silico, in vitro, and in vivo evaluations as an effective repurposed anti-COVID-19 drug.

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Section: Molecular Biology Of Sars-cov-2mentioning

confidence: 99%

Evaluation of Drug Repositioning by Molecular Docking of Pharmaceutical Resources to Identification of Potential SARS-CoV-2 Viral Inhibitors

Hosseini¹,

Azin²,

Ofoghi³

et al. 2022

Drug Repurposing - Molecular Aspects and Therapeutic Applications

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“…Estudos anteriores à pandemia "in vitro" demonstraram que os derivados de aminoquinolonas usados como antimaláricos (AM), tais como o difosfato de cloroquina (CLQ) e a hidroxicloroquina (HCQ), apresentam ação antiviral efetiva, por inibir a replicação em vírus, tais como os retrovírus, flavivirus e coronavírus responsáveis pelas SARS [5][6][7][8][9][10] .…”

Section: Listas De Figuras Tabelas Quadros Gráficos Símbolos E Abrevi...unclassified

“…Ademais, no início da pandemia não foram relatados casos com evolução grave da COVID-19 em paciente com doença reumática imunomediada (DRIM), estando eles em uso ou não de medicamentos imunossupressores ou imunobiológicos, assim como a incidência nesses pacientes aparentou ser menor 11,12 . Foi observado também que não existe associação direta entre doenças reumatológicas e o risco de apresentação das formas mais graves da doença, mesmo esses pacientes possuindo mais comorbidades relacionadas à gravidade da infecção por coronavírus, tais como: idade avançada, doenças crônicas sistêmicas, diabetes, hipertensão e obesidade 5 .…”

Section: Listas De Figuras Tabelas Quadros Gráficos Símbolos E Abrevi...unclassified

“…Observou-se que não há qualquer benefício no uso profilático, ou terapêutico, da CLQ ou da HCQ, sendo inclusive revogada, em junho de 2020, a ordem de uso emergencial dessas medicações pela Food and drugs administration (FDA) -emitida em março de 2020 -por falta de evidência, e devido aos riscos superarem as vantagens no uso desses medicamentos 5,12,14,[20][21][22]24 .…”

Section: Listas De Figuras Tabelas Quadros Gráficos Símbolos E Abrevi...unclassified

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Síndromes gripais e infecções por Sars-Cov-2 em pacientes usuários crônicos de antimaláricos (Hidroxicloroquina e Difosfato de Cloroquina)

Canal¹,

Teixeira²,

Reis³

2022

PIC

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A evolução da pandemia de COVID-19 trouxe a necessidade urgente de pesquisassobre medidas eficientes para seu manejo clínico. Estudos prévios haviam demonstrando quealguns antimaláricos (AM), como a cloroquina e a hidroxicloroquina, apresentam açãoantiviral efetiva contra determinadas linhagens. Ademais, estudos demonstraram quepacientes portadores de doença reumática imunomediada (DRIM) apresentaram menorincidência de COVID-19, outrossim os que desenvolveram a patologia, não evoluíram comformas graves, mesmo apresentando outras comorbidades preditoras de pior desfechoclínico. Por conseguinte, levantou-se a hipótese de um efeito protetor dos AM contra a COVID-19. No atual cenário, ergueu-se uma intensa discussão sobre o assunto. Atualmente, o usoprofilático de AM foi desencorajado por estudos criteriosos. O presente estudo tem comoobjetivo principal avaliar a frequência de sintomas gripais e COVID-19 em pacientes usuárioscrônicos de AM em virtude do tratamento de DRIM. Metodologia: O trabalho é umdesdobramento do Projeto Mário Pinotti II, sendo um estudo de coorte transversal com grupocontrole a partir do recorte dos participantes referentes ao Distrito Federal. O tamanhoamostral foi de 638 pessoas, com n de 373 pacientes com DRIM e de 265 contactantes diretosnão portadores de DRIM - grupo controle. Ambos grupos foram entrevistados por meio decontato telefônico semanal, sendo analisadas características sociodemográficas, detalhes douso dos AM, das doenças de base e de demais comorbidades. Também foram abordadosaspectos relacionados aos sintomas da COVID-19, de demais síndromes gripais, e dadosepidemiológicos em ambos grupos. Os dados foram armazenados na plataforma RedCaponline. Foram definidos como COVID-19 positivos aqueles com demonstração da infecção porPCR em orofaringe ou sorologia confirmatória. Os dados levantados foram analisados com ouso do software SPSS 20.0 e STATA 12. Resultados: O grupo de pacientes contou com 91,7%de mulheres e 8,3% de homens, com média de idade de 45,5 anos. Quanto à co-habitação,11,5% dos pacientes moram sozinhos/com mais um habitante e 88,4% moram com 2 ou maispessoas. As DRIM mais incidente foi Lúpus Eritematoso Sistêmico (60,4%). O espectro desintomas gripais avaliados entre os dois grupos mostrou comportamento distinto (p=0,019) -pacientes com DRIM obtiveram maior frequência de 1 ou mais sintomas gripais (36,2% versus24,9%). O grupo pacientes apresentou maior frequência de positividade para COVID-19 doque o grupo controle (p0,001). Não houve diferença no número de internações hospitalaresentre os grupos (p=1,000). Quanto a sintomas gripais que se correlacionam comcaracterísticas epidemiológicas individuais - as quais diferiam entre os grupos - não houveimpacto na frequência dos sintomas (p=0,001). Por fim, os pacientes com DRIM apresentaramfrequência de sintomas gripais 66% maior do que o grupo controle. Discussão/conclusão:Apesar de pesquisas prévias e de estudos realizados no início da pandemia demonstrarempossível efeito protetor de AM contra a COVID-19 e suas formas graves, estudos mais recentese mais criteriosos desacreditaram esse uso, levando inclusive à revogação da aplicação de AMno manejo clínico da doença pela FDA americana. Os resultados do presente estudo estão deacordo com essa nova visão, pois foi evidenciado que não houve frequência menor dedesenvolvimento de síndromes gripais e de COVID-19 em pacientes usuários crônicos de AMquando comparados ao grupo controle de contactantes intra-domicilares não usuários damedicação.

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“…SARS-CoV-2 is an RNA virus with a genome that encodes four structural proteins, i.e. the spike (S) protein, the envelope (E) protein, the membrane (M) protein and the nucleocapsid (N) protein, and the remainder polyproteins that are cleaved into various non-structural proteins important for replication [5,6]. SARS-CoV-2 infects a variety of cell types by binding to its receptor, i.e.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Isothermal amplification and fluorescent detection of SARS-CoV-2 and SARS-CoV-2 variant virus in nasopharyngeal swabs

et al. 2021

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The COVID-19 pandemic caused by the SARS-CoV-2 is a serious health threat causing worldwide morbidity and mortality. Real-time reverse transcription PCR (RT-qPCR) is currently the standard for SARS-CoV-2 detection. Although various nucleic acid-based assays have been developed to aid the detection of SARS-CoV-2 from COVID-19 patient samples, the objective of this study was to develop a diagnostic test that can be completed in 30 minutes without having to isolate RNA from the samples. Here, we present an RNA amplification detection method performed using reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) reactions to achieve specific, rapid (30 min), and sensitive (<100 copies) fluorescent detection in real-time of SARS-CoV-2 directly from patient nasopharyngeal swab (NP) samples. When compared to RT-qPCR, positive NP swab samples assayed by fluorescent RT-LAMP had 98% (n = 41/42) concordance and negative NP swab samples assayed by fluorescent RT-LAMP had 87% (n = 59/68) concordance for the same samples. Importantly, the fluorescent RT-LAMP results were obtained without purification of RNA from the NP swab samples in contrast to RT-qPCR. We also show that the fluorescent RT-LAMP assay can specifically detect live virus directly from cultures of both SARS-CoV-2 wild type (WA1/2020), and a SARS-CoV-2 B.1.1.7 (alpha) variant strain with equal sensitivity to RT-qPCR. RT-LAMP has several advantages over RT-qPCR including isothermal amplification, speed (<30 min), reduced costs, and similar sensitivity and specificity.

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An overview of basic molecular biology of SARS-CoV-2 and current COVID-19 prevention strategies

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Evaluation of Drug Repositioning by Molecular Docking of Pharmaceutical Resources to Identification of Potential SARS-CoV-2 Viral Inhibitors

Evaluation of Drug Repositioning by Molecular Docking of Pharmaceutical Resources to Identification of Potential SARS-CoV-2 Viral Inhibitors

Síndromes gripais e infecções por Sars-Cov-2 em pacientes usuários crônicos de antimaláricos (Hidroxicloroquina e Difosfato de Cloroquina)

Isothermal amplification and fluorescent detection of SARS-CoV-2 and SARS-CoV-2 variant virus in nasopharyngeal swabs

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