Uno de los retos para la pequeña y mediana empresa (PYME) es entender y conocer en qué momento debe hacer los cambios organizacionales y tomar las decisiones adecuadas que no afecten su nivel de productividad. Comprender los factores que involucran la toma de decisiones en las Pymes está relacionado con la necesidad de entender el entorno de los negocios y sus variables de productividad laboral referido a la efectividad de las buenas prácticas de productividad operacional (BPPO), sus sistemas de apoyo y de transferencia de conocimiento aplicado a la administración de la producción. Para entenderlo, se debe analizar el contexto desde una perspectiva integral. Es por esta razón que el presente artículo pretende examinar la toma de decisiones basada en la productividad en Pymes manufactureras a través de la utilización de lógica difusa, tomando como caso 6 Pymes de Medellín, Colombia, donde se empleó el modelo Índice de Productividad Total de Factores (IPTF). Con respecto a la metodología, se hace desde la ejecución rigurosa de los diferentes pasos del método borroso en las Pymes con un enfoque descriptivo, lo que permitió seleccionar las condiciones más cercanas a los principios difusos, confirmando la efectividad de la lógica difusa en el proceso de toma de decisiones empresariales. Además, como resultado significativo, se aporta a líneas de investigación, con una orientación metodológica basada en la productividad (BPPO) que apoyan la toma de decisiones empresariales.