Analysis of Recombinant Adenoviruses Using an Integrated Microfluidic Chip-Based System

McCaman, Michael T.; Murakami, Pete; Püngor, E.; Hahnenberger, Karen M.; Hancock, William S.

doi:10.1006/abio.2001.5043

Cited by 17 publications

(8 citation statements)

References 12 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…26,27 Moreover, microarray technology has been minimally exploited with respect to the study of adenovirus-host cell interaction. [10][11][12][13][14] Therefore, further investigations of adenoviral infection may reveal unique changes in gene expression that induced at different points in its infection pathway. In this regard, we are utilizing heat-inactivated adenoviral vectors that permit binding to the cell surface receptor but do not allow internalization of the virus, 28 to study the effects of adenoviral cell surface binding on gene expression.…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

“…Two extremely powerful and versatile technologies utilized for this purpose include high-density oligonucleotide and cDNA microarrays. The use of microarray technology has been minimally exploited in the field of gene therapy [10][11][12][13][14] particularly with respect to adenoviral 15,16 vectors and their tropismmodified variants. The intent of our study was to determine differential gene expression patterns linked to a defined set of tropism-modified adenoviral vectors.…”

mentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

Employment of microarray analysis to characterize biologic differences associated with tropism-modified adenoviral vectors: utilization of non-native cellular entry pathways

et al. 2004

View full text Add to dashboard Cite

In this study, we have applied high-density oligonucleotide microarray technology to characterize biologic changes associated with adenoviral vector-mediated target cell infection. We infected a human melanoma cell line, M21, with the tropism-modified vectors, Ad5lucRGD and Ad5/3luc1. In addition, we infected the M21 cell line with the Ad5luc1, a vector which primarily exploits the coxsackie and adenovirus receptor, as its primary native receptor. We found significant changes in gene expression of 5492 genes induced by Ad5luc1 infection, 2439 genes induced by Ad5/3luc1 infection, and 1251 genes induced by Ad5lucRGD infection, compared to unifected cells. Among these changes in gene expression, 783 changes were common to Ad5/3luc1 and Ad5luc1 infections, 266 were common to Ad5lucRGD and Ad5luc1 infections, and 185 changes in gene expression were common to Ad5/3luc1 and Ad5lucRGD infections. Interestingly, 89 changes in gene expression were common to all the three groups, suggesting a commonly affected pathway. This analysis represents a unique application of microarray to study vector-related issues.Furthermore, these studies demonstrate the utility of microarray for characterizing the biologic sequelae of host-vector interaction.

show abstract

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

mentioning

confidence: 99%

Employment of microarray analysis to characterize biologic differences associated with tropism-modified adenoviral vectors: utilization of non-native cellular entry pathways

et al. 2004

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Az eszköz a DNS-elemzéshez PCR-t és párhuzamosan kapilláris elektroforézist is alkalmaz. E mikrofl uidikai eszközök népszerűségét is tökéletesen mutatja az a tény, hogy már a kereskedelemben is kaphatók (például Agilent), valamint több kutatócsoport is használja ezeket [21,22] kí-sérleti alaprendszernek.…”

Section: Mikrofl Uidikai Eszközökben Megvalósított Nukleinsav-alapú Munclassified

Élelmiszer-biztonsági jelentőségű baktériumok molekuláris detektálásának fejlesztése miniatürizált mikrofluidikai eszközök segítségével

Iván

Maráz

2015

Orvosi Hetilap

View full text Add to dashboard Cite

A biztonságos élelmiszerek előállítása szempontjából kulcsfontosságú az élelmiszerrel terjedő patogén baktériumok kimutatása és azonosítása. A hagyományos, tenyésztésen alapuló diagnosztikai eljárásokat egyre inkább felváltják vagy kiegészítik a nukleinsav-alapú, a genom speciális (elsősorban virulencia) génjeinek kimutatását célzó molekuláris technikák. A rutin élelmiszer-mikrobiológiai vizsgáló laboratóriumok leggyakrabban nemzetközileg validált DNSamplifi kációs, elsősorban valós idejű polimeráz láncreakció alapú módszereket alkalmaznak, amelyek a vizsgálati idő jelentős lerövidítése mellett lényegesen javítják a módszerek teljesítési jellemzőit (például érzékenység, specifi kusság) is. A polimeráz láncreakció alapú módszereknek rutindiagnosztikai célú alkalmazása azonban az előnyök mellett szá-mos hátránnyal is jár, amelyek között említendő a készülékek és a reagensek magas költsége, valamint a laboratóriumi környezetnek a reakciótermékekkel való kontaminálási kockázata, ami elkülönített laboratóriumi rendszert igényel. Manapság az ilyen laboratóriumi rendszerek miniatürizálása és hordozhatóvá tétele is fontos fejlesztési irány. A Labon-a-chip eszközökben több ilyen laboratóriumi műveletet lehet megvalósítani egy kis méretű eszközön, a standard eljárásokhoz hasonló pontossággal és megbízhatósággal. Ezen miniatürizált eszközök nagy előnye az egyszerű -sokszor automatizált -kezelhetőség, kis méret, hordozhatóság és sterilitás, ami az egyszeri használatból adódik. Ilyen miniatürizált gyorsdiagnosztikai eszközök kutatása és fejlesztése folyik a világ vezető kutatóhelyein, például különbö-ző minta-előkészítési és DNS-amplifi kációs módszerek miniatürizálásával. A szerzők is ezt a célt tűzték ki kutatásaik-ban: olyan miniatürizált mikrofl uidikai eszközök fejlesztését, amelyek alkalmasak élelmiszer-biztonsági jelentőségű baktériumok molekuláris detektálására. Orv. Hetil., 2015, 156(51), 2082-2088.Kulcsszavak: élelmiszer-biztonság, baktériumdiagnosztika, Lab-on-a-chip, mikrofl uidikai eszközök Development of molecular detection of food-borne pathogenic bacteria using miniaturized microfl uidic devicesDetection and identifi cation of food-borne pathogenic bacteria are key points for the assurance of microbiological food safety. Traditional culture-based methods are more and more replaced by or supplemented with nucleic acid based molecular techniques, targeting specifi c (preferably virulence) genes in the genomes. Internationally validated DNA amplifi cation -most frequently real-time polymerase chain reaction -methods are applied by the food microbiological testing laboratories for routine analysis, which will result not only in shortening the time for results but they also improve the performance characteristics (e.g. sensitivity, specifi city) of the methods. Beside numerous advantages of the polymerase chain reaction based techniques for routine microbiological analysis certain drawbacks have to be mentioned, such as the high cost of the equipment and reagents, as well as the risk of contamination of the labora...

show abstract

“…Viral detection [e.g. influenza (Dawson et al 2006;Liu et al 2006;Lu 2006), adenovirus (McCaman et al 2001;Gu et al 2003) and dengue hemorrhagic fever (Guzman and Kouri 2004;Zaytseva et al 2005)] necessitates the development of sensor platforms with very low limits of detection and false alarm rates that can also track or at least account for the relatively high rates of mutagenic drift. Other threats such as water- (Straub and Chandler 2003), food- (Rasooly and Herold 2006) or air-borne pathogens (McBride et al 2003;Stetzenbach et al 2004) also require high sensitivity and specificity but introduce other engineering challenges such as larger sample volumes to be processed or more complex target capture requirements.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Nanobiosensors: optofluidic, electrical and mechanical approaches to biomolecular detection at the nanoscale

Erickson

Mandal

Yang

et al. 2007

Microfluid Nanofluid

220

142

View full text Add to dashboard Cite

Next generation biosensor platforms will require significant improvements in sensitivity, specificity and parallelity in order to meet the future needs of a variety of fields ranging from in vitro medical diagnostics, pharmaceutical discovery and pathogen detection. Nano-biosensors, which exploit some fundamental nanoscopic effect in order to detect a specific biomolecular interaction, have now been developed to a point where it is possible to determine in what cases their inherent advantages over traditional techniques (such as nucleic acid microarrays) more than offset the added complexity and cost involved constructing and assembling the devices. In this paper we will review the state of the art in nanoscale biosensor technologies, focusing primarily on optofluidic type devices but also covering those which exploit fundamental mechanical and electrical transduction mechanisms. A detailed overview of next generation requirements is presented yielding a series of metrics (namely limit of detection, multiplexibility, measurement limitations, and ease of fabrication/assembly) against which the various technologies are evaluated. Concluding remarks regarding the likely technological impact of some of the promising technologies are also provided.

show abstract

Analysis of Recombinant Adenoviruses Using an Integrated Microfluidic Chip-Based System

Cited by 17 publications

References 12 publications

Employment of microarray analysis to characterize biologic differences associated with tropism-modified adenoviral vectors: utilization of non-native cellular entry pathways

Employment of microarray analysis to characterize biologic differences associated with tropism-modified adenoviral vectors: utilization of non-native cellular entry pathways

Élelmiszer-biztonsági jelentőségű baktériumok molekuláris detektálásának fejlesztése miniatürizált mikrofluidikai eszközök segítségével

Nanobiosensors: optofluidic, electrical and mechanical approaches to biomolecular detection at the nanoscale

Contact Info

Product

Resources

About