Знания и инновации характеризуются неравномерным распределением в границах территории. Аналогично «парадоксу береговой линии», фрагментарность их распределения усиливается с расширением детализации исследования. Ключевые в контексте национальной инновационной системы регионы могут иметь в своей структуре «белые пятна» с ярко выраженной поляризацией в пользу крупных городов и агломераций. Города как центры притяжения образовательной, научноисследовательской и технологической деятельности, аккумулируют интеллектуальный потенциал страны и обеспечивают кластеризацию инновационной активности. В контексте региональной инновационной политики метрополизация рассматривается как объективный фактор аккумуляции интеллектуального и «знаниевого» капитала в городах, позволяющий обеспечить концентрацию ресурсов развития на наиболее перспективных и «рентабельных» направлениях. Побочным эффектом подобного подхода может стать усиление региональной дивергенции в области знаний, инноваций и технологий, а также «вымывание» ресурсов малых и средних городов. Нами проведена верификация устоявшегося мнения о периферийности малых и средних городов в инновационном пространстве России. Методология исследования основана на инструментах наукометрического анализа, доступных в аналитическом инструменте SciVal. Проанализированы все городские населенные пункты России, с последующей фокусировкой на 120 городах, генерирующих не менее 100 результатов интеллектуальной деятельности в период с 2013 по 2017 с индексацией в международной реферативной базой Scopus. Пространственная наукометрия позволяет сформировать динамические ряды данных о географии знания и инноваций в России, используя населенные пункты в качестве объекта исследования. Результаты показывают, что национальная инновационная система России представляет собой сложную экосистему взаимозависимых элементов (полюсов роста, зон влияния, инновационной периферии), в которой малые города играют важную роль как в качестве звеньев инновационного процесса, так и в качестве самодостаточных центров глобальной сети исследований и разработок.