Fruto de um estudo piloto que buscou inserir a História e Filosofia da Ciência (HFC) no ensino de Química em nível médio por meio das Histórias em Quadrinhos (HQs), esse artigo, visando o aperfeiçoamento metodológico de uma pesquisa maior, tem por objetivo analisar a adequação do instrumento de constituição dos dados e o processo de análise dos mesmos, bem como o potencial de uma HQ elaborada para realizar uma abordagem histórico-filosófica e proporcionar um aprimoramento das noções referentes aos elementos químicos e ao processo científico. Analisados por meio da Análise de Conteúdo, os resultados obtidos por meio de questionários indicam que esse tipo de material e abordagem são capazes de aprimorar tais noções. Porém, o estudo revelou não somente as potencialidades da estratégia metodológica pensada, mas também suas limitações, que puderam ser aperfeiçoadas na pesquisa final, as quais incluem: uma maior contextualização das perguntas e mediação por parte da pesquisadora, podendo ser feita por meio de rodas de conversa e observação participante, além do reforço de algumas ideias ao longo da HQ.