El cultivo de yuca (Manihot esculenta Crantz) en Colombia, se realiza empleado sistemas de siembra, como el monocultivo, con prácticas que vulneran la sostenibilidad del agroecosistema, por degradación de los suelos, erosión y extracción de nutrientes y, entre éstas, el uso de maquinarias y la aplicación de fertilizantes inorgánicos. Debido a esta situación, se ha generado un interés por el implemento de técnicas de manejo orgánico, enfoque que ha demostrado producir beneficios al sistema suelo-planta. En esta investigación se evaluaron los niveles de sostenibilidad en sistemas de cultivo de yuca, del municipio de Ciénaga de Oro-Córdoba, Colombia. Para ello fueron definidos tres sistemas de cultivo de manejo orgánico y tres con sistemas convencionales. Cada 30 días, durante periodo de 18 meses, se analizaron 10 indicadores de calidad de suelos y 10 de salud de cultivos, con base en la metodología de diagnóstico rápido de la sostenibilidad de los cultivos. Los sistemas orgánicos obtuvieron mejores resultados para las variables de calidad de suelo, con promedios que oscilaron entre 7,00 y 9,00; igualmente, para salud de cultivo, con promedios entre 5,00 y 10,00 y respecto a los sistemas convencionales, con valores entre 2,00 y 8,00, en proporción para los indicadores de calidad de suelo y salud de cultivo. La implementación de prácticas agrícolas con manejo orgánico se convierte en una alternativa importante para mejorar la productividad en los sistemas agronómicos de la región