Objetivo: avaliar criticamente Programas de Controle de Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (PCIRAS) em hospitais de médio-extra portes, quanto ao cumprimento dos critérios sanitários nacionais. Métodos: estudo transversal realizado em 18 hospitais com Comissões de Controle de Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (CCIRAS) dos estados de Goiás e São Paulo, Brasil. Para coleta de dados aplicou-se formulário online fundamentado nos itens de avaliação preconizados pela Resolução de Diretoria Colegiada (RDC) Nº 48/2000 - ANVISA. Para análise estatística utilizou-se exame da frequência e distribuição das variáveis (média e desvio padrão - DP). Resultados: as CCIRAS atenderam 100% dos itens imprescindíveis, 93,0% (DP = 5,8) dos necessários e 64,8% (DP = 32,5) dos recomendados. Os Serviços de Controle de IRAS atenderam 90,2% (DP = 16,1) dos itens necessários, e 77,8% (DP = 19,2) dos recomendáveis. Conclusão: itens imprescindíveis foram cumpridos, porém os necessários e recomendados apresentam diferentes graus de inconformidades, podendo comprometer a prevenção e controle de IRAS. A aplicação de roteiro baseado na RDC N° 48/2000 contribui para conhecer a realidade dos PCIRAS dos hospitais, contudo, essa normativa não estabelece percentual mínimo de conformidade, dificultando a interpretação dos resultados. Há necessidade de atualizá-la para instrumentalizar os órgãos fiscalizadores.