Foi verificada a distribuição, feita a identificação taxonômica e a caracterização morfológica das espécies de monilófitas (samambaias) aquáticas de quatro lagoas pequenas temporárias e duas perenes localizadas ao longo da estrada que corta o setor industrial da área Itaqui-Bacanga, na ilha de SãoLuís - MA, durante o período de junho a setembro de 2011. As espécies encontradas nos ambientes amostrados foram Salvinia auriculata, Salvinia molesta (Salviniaceae) e Ceratopteris thalictroides (Pteridaceae). As três espécies apresentaram caráter de ocorrência anual e as Salviniaceaeestiveram amplamente distribuídas nos ambientes aquáticos observados. Dentre as monilófitas amostradas, apenas o gênero Salvinia apresenta heterosporia, com a presença de megasporângios e microsporângios. O gênero Ceratopteris, por sua vez, é homosporado, apresentando apenas esporos masculinos, que possuem um potencial para desenvolver gametófitos que futuramente poderão ser masculinos ou hermafroditas. A superfície foliar (tricomas), no caso de Salvinia, e o caule, no caso de Ceratopteris, são importantes estruturas na flutuabilidade das plantas. As três espécies apresentam adaptações morfológicas fundamentais para o seu estabelecimento e desenvolvimento nesses locais.Distribution, morphology and anatomy of aquatic Monilophyta (ferns) in small ponds at the area Itaqui-Bacanga, São Luís Island-MAABSTRACTDistribution, taxonomic identification and morphological analysis of aquatic species of Monilophyta (ferns) were carried out in four perennial and two temporary ponds located along the road through the industrial area Itaqui-Bacanga, at the São Luís Island – MA, from June to September 2011. The species found in the study sites were Salvinia auriculata, Salvinia molesta (Salviniaceae) and Ceratopteris thalictroides (Pteridaceae), all presenting an annual occurrence in nature and Salviniaceae were widely distributed in the ponds observed. Among the monilophytes sampled, only the Salviniagenus shows heterosporia, with the presence of megasporangia and microsporangia. The genus Ceratopteris in turn is homosporate, presenting only male spores, which have a potential to develop gametophytes that in the future may be male or hermaphrodite. The leaf surface (trichomes), in the case of Salvinia, and the stem, in the case of Ceratopteris, are important structures in the buoyancy of plants. The three species show important morphological adaptations for their establishment and development in these places.Keywords: Aquatic euphillophyta; Occurrence; Morphological adaptations; Ponds.