Alga coklat (Phaeophyta) mengandung senyawa aktif seperti karbohidrat, protein, phenolik, lemak, pigmen, vitamin dan mineral. Kandungan mineral alga coklat sekitar 8 -40 % terdiri atas kation Na + , K + , Mg ++ , Fe ++ , Zn ++ , Mn ++ dan logam berat. Bioaktif alga coklat memiliki banyak manfaat, salah satunya adalah Fucoidan sebagai obat kanker. Hambatan pemanfaatan Fucoidan sebagai obat adalah kandungan mineral yang tinggi sehingga mineral tersebut harus dipisahkan. Proses ekstraksi alga coklat menggunakan berbagai metode telah dilakukan dengan tujuan mengisolasi komponen aktif Fucoidan yang bebas dari mineral yang akan menjadi hambatan dalam memanfaatkan komponen aktif. Dalam makalah ini akan diuraikan beberapa metode terbaru ekstraksi bahan aktif alga coklat dan proses pemisahan mineral menggunakan membran Mikro Filtrasi (MF) dan Ultra Filtrasi (UF). Membran MF dan UF dapat memisahkan molekul kecil seperti kation (mineral) dapat lolos melalui membran sehingga makromolekul seperti karbohidrat, lemak, protein, pigmen, phenolic dan vitamin dapat terpisah dari mineral dan diperoleh bahan aktif tanpa adanya mineral. Tujuan dari makalah ini adalah memberikan arah penelitian dalam eksplorasi bahan aktif alga coklat untuk aplikasi farmasi dan kosmetik tanpa efek samping yang disebabkan oleh kandungan logam atau mineral yang tinggi di atas nilai ambang batas di dalam ekstrak alga coklat.