Os acidentes de embarcações nos rios da Amazônia têm sido eventos marcantes ao longo dos anos, tornando necessária a busca por medidas de prevenção desse tipo de problemas. Dentre os rios da região amazônica, o rio Madeira é uma via navegável importante devido à intensa atividade de transporte de cargas e pessoas, sendo motivo de estudo. O presente trabalho propõe uma análise integrada da problemática de acidentes de embarcações que têm ocorrido em águas do rio Madeira, identificando desafios nos quais a Engenharia Naval pode contribuir. Primeiro, foi feita uma análise dos acidentes documentados pelos Inquéritos Administrativos sobre Acidentes e Fatos da Navegação (IAFN’s) da Marinha do Brasil, entre os anos de 2018 e 2022. Logo, foram discutidos alguns desafios que a Engenharia Naval poderia ter em iniciativas de prevenção de acidentes. Finalmente, algumas alternativas de estudo e melhoramento da navegação no rio Madeira e rios similares foram propostas, considerando avanços científicos recentes. De acordo com a pesquisa, foi verificado que a natureza de acidente mais comum documentado no rio Madeira foi o abalroamento. O tipo de embarcação que esteve mais presente nos dados de acidentes no rio em questão foi o empurrador com balsa (comboio). Os dados apresentados no presente trabalho podem contribuir para planejar estratégias de prevenção de acidentes de embarcações no rio Madeira ou vias navegáveis similares.