Os ambientes úmidos ao redor do mundo vêm sofrendo severos efeitos devido às atividades antrópicas que degradam e reduzem a quantidade de habitat disponível, afetando negativamente a biodiversidade. Esse padrão é observado em diferentes regiões brasileiras, como no estado do Mato Grosso do Sul. Neste estudo nós apresentamos dados sobre a composição, riqueza e abundância de aves de 41 áreas úmidas inseridas no Pantanal e Cerrado do estado de Mato Grosso do Sul. Nós registramos 96 espécies de aves que são predominantemente associadas com estes ambientes. A riqueza de espécies e a abundância de aves de áreas úmidas foram maiores no Pantanal, com 2,6 vezes mais indivíduos neste domínio do que no Cerrado. A maioria das espécies (66,6%) ocorreu em ambos os domínios, porém 25 espécies foram exclusivas do Cerrado e 7 do Pantanal, o que resultou em uma composição de espécies diferente entre os ambientes. Desta forma, estratégias de conservação de ambientes úmidos devem ser adotadas no Pantanal, dada a grande riqueza e abundância de aves presente neste domínio, mas também no Cerrado, onde existem muitas espécies exclusivas ou que são raras no Pantanal. Palavras-Chave: áreas alagáveis; avifauna; Bacia do Alto Rio Paraguai; Bacia do Rio Paraná; conservação de áreas úmidas. STRUCTURE OF BIRD COMMUNITIES IN HUMID AREAS OF PANTANAL AND CERRADO OF MATO GROSSO DO SUL STATE. The wetlands around the world have been suffering severe effects due to anthropogenic activities, which degrade and reduce the amount of available habitats, and so, affect negatively the biodiversity. This pattern is observed in different Brazilian regions, as in the Mato Grosso do Sul state. In this study we presented data on the composition, richness and abundance of birds in 41 wetlands distributed in the Pantanal and the Cerrado of Mato Grosso do Sul state. We recorded 96 bird species that are predominantly associated with wetlands. The bird species richness and bird abundance were greater in the wetlands of Pantanal domain, and we recorded 2.6 more individuals in this domain than in the Cerrado. The most bird species (66.6%) occurred in both domains, but 25 species were exclusively recorded in the Cerrado and 7 in the Pantanal, which resulted in a different species composition among domains. So, conservation strategies must be adopted in Pantanal wetlands, due the great species richness