Chroniques génomiques

Abstract

Précisons tout d'abord le sujet de cette chronique : il ne s'agit pas ici de détailler les nombreuses applications du séquençage ultra-rapide en recherche médi-cale -nous en avons déjà parlé plusieurs fois -mais bien de faire un point sur l'utilisation effective de cette technique dans la pratique clinique. Et le séquençage à visée diagnostique d'un ou deux gènes, dont l'exemple typique est le fructueux business construit par Myriad Genetics autour des gènes BRCA1 et BRCA2, n'entre pas non plus dans le cadre de cet article. En fait, je souhaite décrire ici les cas où l'obtention de quelques gigabases de séquence brute 1 s'intègre effectivement dans une pratique de soins -ou va le faire dans un futur proche. Performances et coûtsCommençons par un rapide panorama des possibilités actuelles de la technologie NGS (new generation sequencing). Le sujet est éminemment évolutif [1] et, compte tenu de la concurrence effrénée que se livrent les principaux intervenants (Illumina, Life Technologies et Complete Genomics, Roche/454 étant désormais un peu marginalisé en raison de son coût bien plus élevé malgré l'avantage de lectures plus longues), il est parfois difficile de distinguer ce qui est réellement disponible aujourd'hui des projections plus ou moins optimistes à un, deux ou trois ans. Disons, pour fixer les idées, que la séquence complète d'un génome humain est aujourd'hui offerte à un tarif de l'ordre de cinq 1 Soit, compte tenu de la redondance nécessaire, des dizaines de mégabases de séquence « finie ». mille dollars, celle d'un exome à un peu plus de mille (Figure 1). Encore faut-il savoir de quelle séquence on parle : le coût dépend énormément de la qualité 2 , et la « qualité recherche » qui correspond aux prix indiqués ci-dessus n'est pas forcément suffisante pour une utilisation clinique. Et, par ailleurs, l'interprétation des résultats peut s'avérer longue et coûteuse [2]. La précision annoncée par Complete Genomics pour la séquence complète (grâce à une redondance de cinquante environ) est de un sur cent mille -le chiffre paraît impressionnant, mais cela signifie que les six gigabases du génome obtenu peuvent contenir soixante mille erreurs, ce qui rend délicate la détection d'éven-tuelles mutations. Pour le séquençage d'exomes, la redondance adoptée est en général de l'ordre de cent, ce qui améliore nettement la qualité mais laisse encore une bonne marge d'incertitude. Il faut savoir, de plus, que la valeur annoncée est celle de la redondance moyenne : en fait, certaines zones seront lues cent ou deux cents fois mais d'autres n'auront bénéficié que de dix ou vingt lectures. Tout cela montre à l'évidence que la séquence obtenue doit faire l'objet d'une évaluation précise, et que sa qualité doit être adaptée à l'usage prévu. En ce qui concerne l'interprétation, une utilisation clinique suppose un traitement informatique rodé et automatisé des données, aboutissant à une réponse binaire ou du moins quantifiée, directement utilisable par le clinicien : il n'est pas question de faire travailler durant six mois ...