Circular Dichroism and Its Empirical Application to Biopolymers

Johnson, W. Curtis

doi:10.1002/9780470110522.ch2

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“…There are numerous excellent reviews that describe the basic principles of CD spectroscopy and its applications in the study of different biomolecules (Gray, 1996;Greenfield, 1996Greenfield, , 2004Johnson 1985Johnson , 1988Johnson , 1990Johnson , 1996aStrickland, 1974;Venyaminov and Yang, 1996;Woody 1985Woody , 1995Woody , 1996Woody and Dunker, 1996;Yang et al, 1986).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Circular Dichroism and Its Application to the Study of Biomolecules

Martin¹,

Schilstra

2008

Methods in Cell Biology

140

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Circular Dichroism and Its Application to the Study of Biomolecules

Martin¹,

Schilstra

2008

Methods in Cell Biology

140

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“…These screening tests made possible to identify from Anemonia viridis a protein fraction able to limit HMEC proliferation and angiogenesis at low concentration (IC 50 14 nM). Trypsin inhibition and the presence of a two turns alpha helix revealed by circular dichroism suggest that the active principle is a kunitz type inhibitor Primary, secondary and tertiary analyses were carried out to characterized this protein fraction [17].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

A Low Molecular Weight Protein from the Sea Anemone <em>Anemonia viridis</em> with an Anti Angiogenic Activity

Loret¹,

Luis²,

Villard³

et al. 2018

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Sea anemones are a remarkable source of active principles due to a decentralized venom system. Blood vessel formation or angiogenesis is a very promising target against cancer, but the few available antiangiogenic compounds have a limited efficacy. In this study, a protein fraction was purified from tentacles of Anemonia viridis able to limit endothelial cells proliferation and vessel network formation or angiogenesis at low concentration (14 nM). The sequences in this protein fraction were determined with Edman degradation and Mass Spectrometry In Source Decay and revealed homologies with BDS sea anemones. The presence of a two turn alpha helix observed with Circular Dichroism and a trypsin activity inhibition suggested that the active principle could be a Kunitz-type inhibitor, which may interact with an integrin due to a RGD motif well exposed to the solvent as revealed by Molecular Modeling. This active principle could improve antiangiogenic therapy from existing antiangiogenic compounds binding on the VEGF.

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“…O dicrógrafo circular é basicamente um espectrofotômetro configurado para medir a diferença entre absorbância de luz circularmente polarizada para a direita e absorbância de luz circularmente polarizada para a esquerda de uma dada amostra (Johnson, 1985).…”

Section: Determinação E Identificação Das Conectividades a Longa Distunclassified

“…Estes podem estar dispostos assimetricamente no espaço (Johnson, 1985;Sreerama & Woody;1993). Os peptídeos e as proteínas são oticamente ativas pois apresentam assimetrias tanto do tipo configuracional como conformacional.…”

Section: Determinação E Identificação Das Conectividades a Longa Distunclassified

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Peptídeos de conformação restrita relacionados ao sítio 2 do fator de crescimento de fibroblastos ácido humano (hFGF-1): estudo sobre estrutura e atividade

Kiyota¹

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AGRADECIMENTO A DEUS AGRADECIMENTO A DEUSFostes Vós que me formastes as entranhas, e no seio de minha mãe Vós me tecestes.Eu vos louvo e vos dou graças, ó Senhor, porque de modo admirável me formastes! Que prodígio e maravilha as vossas obras! Até o mais íntimo, Senhor, me conheceis; uma sequer de minhas fibras ignoráveis, quando eu era modelado ocultamente, era formado nas entranhas subterrâneas. Ainda informe, os vossos olhos me olharam, e por Vós foram previstos os meus dias; em vosso livro estavam todos anotados, antes mesmo que um só deles existisse. (Sl.138,(13)(14)(15)(16) foram o meu porto-seguro de carinho, apoio, estímulo e ajuda nos momentos mais difíceis.A todos todos aqueles que, direta ou indiretamente, contribuíram para a concretização deste trabalho. Este trabalho foi realizado graças aos auxílios financeiros das seguintes Instituições:viii Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), através da bolsa de Doutoramento concedida à autora durante a maior parte do Curso.Pró-Reitoria de Pós-Graduação da Universidade de São Paulo, através dos auxílios financeiros concedidos à autora na forma de passagens aéreas para a realização de um estágio na Itália (novembro/98) e apresentação de um poster em Minneapolis, Minnesota, USA (junho/99).Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, através da verba concedida ao projeto de pesquisa coordenado pela Dra. Miranda. LISTA DE ABREVIAÇÕES As abreviações utilizadas estão de acordo com as recomendações da IUPAC-IUBComission on Biochemical Nomenclature (J. Biol.Chem. 264, 668-673, 1989).A ou Ala -alanina ACN -acetonitrila BrDU -5-bromo 2 ' -deoxiuridina BSA -albumina sérica bovina (bovine serum albumin) SPPS -solid phase peptide synthesisT ou Thr -treonina tBoc -tert butiloxicarbonilaTimidina triciada -metil-3 H-timidina (Kiyota et al., 1996.Diante desta constatação e com base em dados descritos na literatura (Harper & Lobb 1988;Burgess et al., 1991;Pantoliano et al., 1994Thompson et al., 1994;Imamura et al., 1995;Blaber et al., 1996;Ornitz et al., 1996;Zhu et al.,1991Zhu et al., , 1995Zhu et al., , 1997 Schwizer, 1995;Sieber & Moe, 1996;Rizo et al., 1996); desenhamos dezessete peptídeos relacionados ao Sítio 2 (97-132) do hFGF-1 mostrados na Tabela 1 abaixo: Sítio 2 hFGF-1 F V G L A K N G S S K R G P R T -NH2 (X) = Dbu; ( -) = deleção de aminoácidos; (c) = ciclo; numeração da seqüência segundo Jaye et al., 1986Todos os peptídeos foram sintetizados manualmente por síntese em fase sólida, sempre que possível purificados à homogeneidade por RP-HPLC e caracterizados quimicamente por RP-HPLC, análise de aminoácidos e espectrometria de massas. Os peptídeos cíclicos foram obtidos por: a) oxidação das sulfidrilas das cisteínas e formação de ponte dissulfeto intramolecular; b) reação entre os grupos amina e carboxila de cadeias laterais de dois diferentes resíduos de aminoácidos com formação de uma ligação lactama.Os testes de atividade mitogênica foram realizados sempre que os peptídeos eram obtidos com pureza ≥90% determinad...

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A Low Molecular Weight Protein from the Sea Anemone <em>Anemonia viridis</em> with an Anti Angiogenic Activity

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