En la producción de alevinos del capitán de la sabana Eremophilus mutisii, se depende exclusivamente del medio natural como fuente de reproductores y, tanto para establecer criterios de calidad de huevo como para aproximar requerimientos de tipo nutricional para ejemplares maduros, una aproximación válida es la determinación de aspectos de composición, en los que el contenido de ácidos grasos en diferentes tejidos suele ser uno de los procedimientos utilizados. Para el efecto, se determinó el perfil de ácidos grasos en gónadas y músculo de 18 reproductoras provenientes de tres sistemas hídricos diferentes en el altiplano cundiboyacense, todos en la cuenca del río Bogotá. La caracterización final se realizó con la medición de 19 ácidos en huevos y 18 en músculo y se efectuó una comparación entre estos y entre las localidades. En términos generales, los contenidos medios de cada ácido graso en huevos y músculo muestran un comportamiento similar entre los tres sitios muestreados. Fue constante que los ácidos mejor representados fueron el palmítico (C16), el oleico (C18:1) y el docosahexaenoico (C22:6n-3), con proporciones similares en los dos tejidos. Los conjuntos de ácidos grasos saturados, monoinsaturados y polinsaturados se mantienen en el 32,4, 28,7 y 37,8 % respectivamente. La consistencia de los resultados obtenidos entre los tejidos y para los diferentes sitios muestra que los mismos, podrían ofrecer una adecuada caracterización para el capitán de la sabana para construir una línea base sólida en evaluaciones de calidad de huevo y para considerar en eventuales formulaciones de dietas para reproductores.