Introducción. Las arvenses son uno de los principales problemas en la productividad agrícola, debido a diversas interacciones con el cultivo, como efectos alelopáticos sobre la germinación. Objetivo. Evaluar la alelopatía del pasto kikuyo (Cenchrus clandestinus) en la germinación de frijol (Phaseolus vulgaris L.) variedad ICA Cerinza. Materiales y métodos. El estudio se realizó en el laboratorio de Control de Calidad de la Universidad de Pamplona, Campus Central, Pamplona, Norte de Santander, Colombia, en mayo-agosto 2022. A cada unidad experimental (caja de Petri) con doce semillas de frijol se le agregó 6 mL de extracto acuoso de kikuyo (hoja, tallo y raíz) en tres concentraciones (1, 2,5 y 5 %), más un testigo (0 %), para un total de doce tratamientos. En el lapso de 0 a 12 días, se registró el número de semillas germinadas (NSG), se calculó el índice de tasa de germinación (ITG) y el índice de germinación (IG), y se determinó el perfil biomolecular del extracto acuoso mediante la técnica de espectroscopia transformada de Fourier. Se utilizó un diseño experimental completamente al azar con arreglo factorial (3x4), con medidas repetidas en cada unidad experimental. Los factores intersujetos fueron el tipo de órgano y concentración, y el factor intrasujeto fue el tiempo (12 días) de evaluación. Resultados. Se observaron diferencias significativas (p<0,001) para NSG entre tratamientos por efecto de la concentración del extracto acuoso al igual que para IG, mientras que ITG dependió del órgano (p<0,05) y concentración (p<0,001), fueron afectados de forma negativa conforme aumentó la concentración. En el espectro infrarrojo del extracto se determinó polifenoles, nitrilos y siloxanos. Conclusión. C. clandestinus afectó las semillas germinadas (NSG), el índice de tasa de germinación (ITG) y el índice de germinación (IG), de P. vulgaris, con efecto alelopático del extracto acuoso de hoja en mayor concentración. En los extractos acuosos se determinaron polifenoles, nitrilos y siloxanos, asociados a efecto alelopático.