Comparison of DNA extraction methods for identification of human remains

Evaluation of DNA Extraction Methods from Waterlogged Bones: A Pilot Study,

“…The organic phenol–chloroform extraction was performed according to the Australian Federal Police (AFP) protocol reported by Pagan et al , with three exceptions. First, the samples were incubated overnight at 56°C in a Fisher Scientific™ Isotemp™ Water Bath (Fisher Scientific, Waltham, MA).…”

“…Ordinarily, the recovery of DNA from skeletal remains is difficult due to degradation, the low yield of extracted DNA, and the presence of calcium, a known polymerase chain reaction (PCR) inhibitor, which can affect DNA analysis . In addition, the external environment can impact the quality of DNA; however, only a small number of studies have examined the impact of water on DNA quantity in waterlogged skeletal remains.…”

Nucleic Acid Sample Preparation from Teeth/Dental Remains

“…Binding of DNA to silica is strongly pH dependant; pH above 7.5 can drastically reduce DNA recovery [ 33 ] so the use of compounds such as EDTA, SDS, and DTT that affect the pH needs to be done in a manner to minimize the detrimental effects. Although organic methods perform well and are less expensive, silica methods use less hazardous materials and are more amenable to automation [ 34 ].…”

Μικρο-Ρευστονικές Διατάξεις Για Χρωματογραφία Και Βιοεφαρμογές Σε Μικροεργαστήριο Ψηφίδας

“…Καθαρισμός DNA από οστά. Τα οστά χρησιμοποιούνται συχνά για την ταυτοποίηση ατόμων σε έρευνες αγνοουμένων μετά από μαζικές καταστροφές, κατά τις οποίες τα σώματα έχουν εκτεθεί σε ακραίες συνθήκες, όπως πυρκαγιά, βύθιση σε νερό για μεγάλη χρονική περίοδο, έκρηξη ή συντριβή [260]. Είναι συνήθως και το μόνο βιολογικό υλικό που συχνά είναι διαθέσιμο για ανεύρεση αλληλουχίας βάσεων/αποτυπώματος DNA (DNA typing).…”

“…Τα οστά αποτελούν μεγάλη πρόκληση όσον αφορά την εξαγωγή DNA γενικά, αλλά και τον καθαρισμό DNA ειδικά, εξαιτίας ενδεχόμενης περιβαλλοντικής και μικροβιακής καταστροφής του DNA, πιθανής αποδόμησης του DNA, ύπαρξης συν-εξαγόμενων/συν-εκλουόμενων παρεμποδιστών, και κυρίως εξαιτίας της χαμηλής διαθέσιμης ποσότητας DNA που βρίσκεται στα οστά [262]. Με στόχο την εξαγωγή και τον καθαρισμό DNA από οστά, χρησιμοποιούνται διάφορες μέθοδοι, που περιλαμβάνουν χημείες βασισμένες στην πυριτία, πρωτόκολλα ολικής απομετάλλωσης, οργανική μέθοδο εξαγωγής DNA με φαινόλη και χλωροφόρμιο, καθώς και εξαγωγή DNA από συσσωματώματα κρυστάλλων οστού, αλλά και από οστά με διαφορετικούς βαθμούς αποδόμησης [260][261][262][263]. Επίσης, μέχρι πριν μερικά χρόνια, δεν είχε αναφερθεί μια γενική μέθοδος που να επιτρέπει εξαγωγή DNA από υλικά σε διαφορετικά επίπεδα αποδόμησης δίνοντας ένα τελικό προϊόν χωρίς παρεμποδιστές, γι' αυτό και ακόμα ερευνώνται και βελτιώνονται νέες μέθοδοι [263].…”