Comparison of selection methods at the same level of inbreeding

Quinton, M.; Smith, C.; Goddard, Mike E.

doi:10.2527/1992.7041060x

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“…In this study, F was calculated using the Meuwissen and Luo (1992) algorithm. Previous studies have shown that increase in average inbreeding coefficient can be used as a measure of reduction in genetic diversity (Quinton et al, 1992;Wang, 1997). The rate of inbreeding (DF ) is the relative increase in inbreeding coefficient of individuals per generation.…”

Section: Ancestral Contributionmentioning

confidence: 99%

Evaluation of genetic variation in the international Brown Swiss population

Worede

Forabosco

Zumbach

et al. 2013

Animal

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The international Brown Swiss cattle population pedigree was studied to measure genetic variations and to identify the most influential animals. Twenty-two countries provided pedigree information on 71 497 Brown Swiss bulls used for artificial insemination (AI). The total number of animals with the pedigree is 181 094. The mean inbreeding coefficient for the pedigree population was 0.77%. There was, in most cases, an increase in the mean inbreeding coefficient, with the highest value at 2.89% during the last 5-year period (2000 to 2004). The mean average relatedness for the pedigree population was 1.1%. The effective population size in 2004 was 204. There was notable variation between average generation intervals for the four parental pathways. The longest average generation interval, at 8.73 years, was observed in the sire-son pathway. The average generation interval for the whole population was 6.53 years. Most genetically influential individuals were sires. The highest contributing founder was a sire with a 3.22% contribution, and the highest contributing founder dam made a contribution of 1.75%. The effective number of founders and the effective number of ancestors were 141 and 88, respectively. The study showed that genetic variation within the pedigree population has been decreasing over recent years. Increasing the number of AI bulls with a low individual coefficient of inbreeding could help to maintain a good level of genetic variation in the Brown Swiss population.

show abstract

Section: Ancestral Contributionmentioning

confidence: 99%

Evaluation of genetic variation in the international Brown Swiss population

Worede

Forabosco

Zumbach

et al. 2013

Animal

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“…O aumento na intensidade de seleção, por exemplo, provoca decréscimo no tamanho efetivo da população e, conseqüentemente, na resposta à seleção. Da mesma forma, o aumento na acurácia da seleção pelo uso de índices de família ou BLUP também reduz o tamanho efetivo da população, ocasionando aumento mais rápido na taxa de endogamia (Quinton et al, 1992;Quinton & Smith, 1995).…”

Section: Introductionunclassified

Oscilação genética em populações submetidas a métodos de seleção tradicionais e associados a marcadores moleculares

et al. 2006

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RESUMO -Com o objetivo de avaliar o efeito da oscilação genética em populações sob seleção com diferentes tamanhos efetivos, foram simulados dados utilizando-se o programa GENESYS. A seleção foi praticada durante 20 gerações consecutivas, com base na seleção individual (SI) e nos valores genéticos preditos pelo BLUP Clássico (BLUP) e pelo BLUP Marcadores (BLUPM), com 30 repetições. A matriz de similaridade adotada no BLUP Marcadores foi obtida utilizando-se 100 marcadores moleculares do tipo microssatélite, por meio de um coeficiente de similaridade correspondente à distância euclidiana média para dados quantitativos. Foram simuladas seis populações de seleção, correspondendo a dois tamanhos efetivos (18,18 e 66,66) e três sistemas de acasalamento dos reprodutores selecionados (reprodutores acasalados ao acaso, exclusão de irmãos completos e exclusão de irmãos completos e meio-irmãos). O parâmetro avaliado foi o valor fenotípico médio. Observou-se grande variação nos valores fenotípicos obtidos pelos métodos, em razão da oscilação genética, principalmente para a seleção baseada nos valores genéticos preditos pelo BLUP e BLUPM e para as populações com tamanho efetivo menor (18,18). Os resultados sugerem que, em programas de melhoramento que utilizam pequenas populações sob seleção, os resultados podem ser influenciados pela oscilação genética, podendo apresentar grandes variações nos ganhos genéticos. Palavras-chave: avaliação genética, BLUP, seleção individual Genetic drift in populations under traditional and marker assisted selectionABSTRACT -The effect of genetic drift in populations under selection with different effective sizes was evaluated using data simulated by the GENESYS program. Selection was applied during 20 generations based on Individual selection (IS) using breeding values predicted by classical best linear unbiased prediction (BLUP) and BLUP associated with molecular markers (BLUPM). The similarity matrix used in BLUPM was obtained by simulation of 100 micro-satellites markers (simple sequence repeats) using a similarity coefficient corresponding to the mean Euclidean distance for quantitative data. Six populations of selection were simulated corresponding to two effective sizes (18.18 and 66.66), and three mating systems of selected sires (random mating, exclusion of half sibs and exclusion of half as well as full sibs). The average phenotypic value was the parameter of evaluation. Large variation on average phenotypic values was due to genetic drift, mainly for BLUP and BLUPM methods and also for populations with small effective sizes. The results indicate genetic drift may cause large variation in genetic gains by selection in breeding programs designed for small populations.Key Words: BLUP, individual selection, genetic evaluation IntroduçãoEm grandes populações sob acasalamento ao acaso e na ausência de mutação, migração e seleção, as freqüências gênicas e genotípicas permanecem constantes geração após geração. Entretanto, em pequenas populações, as freqüências gênicas flutuam aleatoria...

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Section: Introductionunclassified

“…Segundo Caballero (1994), o tamanho efetivo da população é a chave no processo evolutivo e na genética quantitativa, pois fornece a medida da taxa de oscilação genética e endogamia numa população. Quinton et al (1992) avaliaram métodos de seleção, sob mesma taxa de endogamia, e concluíram que a seleção com base no fenótipo apresentou melhores respostas do que os outros métodos de seleção estudados, quando o objetivo foi manter baixa a taxa de endogamia (1% por geração).Segundo Lynch & Walsh (1999), o BLUP (melhor predição linear não-viesada) pode ser usado em situações de grande volume e complexidade das informações de pedigree, pois, quando tal método é utilizado para estimar o valor genético de um indivíduo, todas as informações disponíveis de seus parentes conferem à …”

unclassified

Comparação de métodos de seleção em populações simuladas de frangos de corte

Oliveira

Cunha

Carneiro

et al. 2005

Pesq. agropec. bras.

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Resumo -Populações de frangos de corte foram simuladas utilizando-se o programa GENESYS, com o objetivo de avaliar a seleção com base no método da melhor predição linear não-viesada (BLUP -best linear unbiased prediction), a seleção individual para três tamanhos efetivos de população e três sistemas de acasalamento dos reprodutores selecionados. Simulou-se um genoma constituído de uma característica quantitativa, com valor de herdabilidade igual a 0,30, em seleção praticada durante 15 gerações consecutivas, com 30 repetições por geração. Para um mesmo tamanho efetivo e sistema de acasalamento, o BLUP foi sempre superior à seleção individual nas 15 gerações de seleção avaliadas.Termos para indexação: BLUP, seleção individual, sistemas de acasalamento, tamanho efetivo de população. Comparison of selection methods in simulated populations of broilersAbstract -Populations of broilers were simulated by using the program Genesys, in order to evaluate the selection based on BLUP (best linear unbiased prediction), and the individual selection for three effective population sizes, and three mating systems of the selected reproducers. The simulated genome was constituted by a quantitative trait, which had heritability of 0.30, in a selection made during 15 consecutive generations, and 30 cycles for generation. BLUP was always superior to the individual selection during all generations evaluated with the same effective size and mating system. Index terms: BLUP, individual selection, mating systems, effective population size. IntroduçãoA avicultura é a atividade agropecuária que apresenta os maiores índices de evolução no desempenho produtivo nas últimas décadas. Nesse contexto, não resta dúvida de que o melhoramento genético das aves contribui, de forma expressiva, para o progresso alcançado.No melhoramento animal, deve-se sempre obter material genético produtivo a custo mais baixo, o que pode proporcionar lucro e sobrevivência num mercado competitivo. Para isso, nos programas de melhoramento, é preciso conhecer a eficiência de cada método de seleção e empregar o que resulte em maiores ganhos com menores custos. Nesse sentido, a simulação de populações tem sido muito usada pelos melhoristas, principalmente na comparação de métodos de seleção, pois seus custos são bastante reduzidos e sua utilização justificável, nas situações em que a obtenção de dados reais seria impossível (Torres Júnior, 1996).A resposta à seleção para uma única característica depende da variabilidade genética, intervalo de geração, acurácia e intensidade de seleção e tamanho efetivo da população. Segundo Caballero (1994), o tamanho efetivo da população é a chave no processo evolutivo e na genética quantitativa, pois fornece a medida da taxa de oscilação genética e endogamia numa população. Quinton et al. (1992) avaliaram métodos de seleção, sob mesma taxa de endogamia, e concluíram que a seleção com base no fenótipo apresentou melhores respostas do que os outros métodos de seleção estudados, quando o objetivo foi manter baixa a taxa de endogamia (1% po...

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Comparison of selection methods at the same level of inbreeding

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Evaluation of genetic variation in the international Brown Swiss population

Evaluation of genetic variation in the international Brown Swiss population

Oscilação genética em populações submetidas a métodos de seleção tradicionais e associados a marcadores moleculares

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