Introducción. La gestión del riesgo de salud pública en Colombia es liderada por el Instituto Nacional de Salud. Ante la emergencia de la COVID-19, se articularon acciones de respuesta mediante salas de análisis del riesgo y se fortaleció la vigilancia en los puntos de entrada al país.Objetivo. Analizar las fases de implementación y mantenimiento de las salas de análisis del riesgo de COVID-19 en cuatro departamentos fronterizos de Colombia.Materiales y métodos. Se hizo un estudio cualitativo de salas de análisis del riesgo en salud pública para COVID-19. Se revisaron la documentación y los datos generados en el periodo de marzo a junio de 2020 en Amazonas, Vichada, Guainía y Putumayo, y se hicieron entrevistas semiestructuradas a personas clave, las cuales se analizaron con el aplicativo NVivo plus, versión 11, en tres ciclos: codificación abierta, establecimiento de categorías emergentes y modelación mediante el análisis de las debilidades y fortalezas detectadas.Resultados. Se determinaron los componentes de la estructura de comando de incidentes y las relaciones entre las áreas de salud pública. Se encontraron fortalezas en la integración de las áreas, el manejo de la información en tiempo real, la vigilancia en las fronteras y las capacidades de los equipos de respuesta inmediata. Se detectaron debilidades en los procesos de planeación, vigilancia comunitaria y comunicación del riesgo.Conclusiones. Las salas de análisis del riesgo constituyen un esfuerzo conjunto del nivel local y nacional que han promovido la participación articulada de los actores, para analizar la información y optimizar la respuesta organizada durante la pandemia de COVID-19.