La ingeniería bioquímica juega un papel importante en el desarrollo tecnológico de los procesos de obtención ya sea de cuerpos fructíferos de setas con potencial medicinal para el consumo directo, o en la fabricación de nutracéuticos y/o suplementos dietarios. Esta investigación implementó una metodología en biorreactor para el cultivo del hongo macromiceto Lentinula edodes, conocido comúnmente como Shiitake, con el objetivo de evaluar el efecto que tienen la velocidad de agitación y el flujo de aire en la producción de biomasa y de metabolitos de mediana y baja polaridad. Se determinó que el rendimiento y la productividad más altos de producción de biomasa se logra a unas condiciones de 80 rpm y 0,50 vvm obteniendo 0,0260 g/g y 0,00433 g/L*h respectivamente. Igualmente, en cuanto a la composición de esta biomasa, se concluyó que se genera un máximo contenido de proteína (33,4% del micelio liofilizado) a unas condiciones de 140 rpm y 0,75 vvm, los esteroles alcanzaron un porcentaje de 89,32% del extracto en DCM a 80 rpm y 0,5 vvm. Los resultados del análisis por GC-MS confirman la amplia variedad de compuestos que se pueden obtener a partir de un cultivo en biorreactor del hongo Lentinula edodes.