El diagnóstico y monitoreo de enfermedades pulmonares depende en gran medida de los estudios de imagen, las pruebas de función fisiológica y la toma de muestras de tejido. La tomografía de coherencia óptica (TCO) y la endomicroscopía confocal láser (ECL) son técnicas de imagen novedosas con resolución casi microscópica, que pueden combinarse de manera fácil y segura con la broncoscopía convencional. Mediante estas técnicas pueden visualizarse compartimentos anatómicos pulmonares relacionados con enfermedades, en tiempo real. En enfermedades pulmonares obstructivas, pueden identificarse y cuantificarse las capas en las paredes de las vías respiratorias y el remodelado estructural asociado. En neoplasias pulmonares, es posible discriminar entre áreas normales y malignas en las vías respiratorias centrales, el parénquima pulmonar, los nodos linfáticos y la pleura. Un número creciente de enfermedades pulmonares intersticiales (EPIs) han podido visualizarse mediante TCO o ECL. Es posible estudiar por imagen varios cambios estructurales asociados con EPIs: fibrosis, infiltración celular, bronqui(ol)ectasias, quistes y el patrón microscópico en panal de abejas. Aunque aún no se han implantado en la práctica clínica, la TCO y la ECL tienen el potencial de mejorar la detección y el monitoreo de enfermedades pulmonares y pueden contribuir a desentrañar la fisiopatología de varias enfermedades y el mecanismo de acción de nuevos tratamientos. De hecho, el examen de las paredes de las vías respiratorias mediante TCO podría ser útil al evaluar tratamientos contra el remodelado de las vías respiratorias. Al visualizar células malignas individuales, la ECL tiene potencial como herramienta para detectar el cáncer en tiempo real. En el futuro, ambas técnicas podrían combinarse con la detección de marcadores fluorescentes con láser. Esta revisión discute el valor de la TCO y la ECL en la medicina pulmonar, presentando de forma sumaria la evidencia actual, y se comentan las perspectivas a futuro.