DArTseq molecular markers for resistance to Phytophthora cinnamomi in pineapple (Ananas comosus L.)

Sanewski, Garth M.; Ko, L.; Innes, David J.; Kilian, Andrzej; Carling, Jason; Song, Jeong Young

doi:10.1007/s13313-017-0512-1

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“…Dentro de los oomicetos, cinco especies del género Phytophthora fueron identificadas; estas son capaces de causar grandes daños en diferentes cultivos como P. nicotianae y P. cinnamomi en piña (Ratti et al, 2018;Sanewski et al, 2017), ya que provocan pudriciones a nivel de raíz. En chile dulce (Capsicum annuun), se ha reportado la pudrición basal o maya en el cultivo y la persistencia en suelo por largos periodos (Uribe-Loría et al, 2014).…”

Section: Discussionunclassified

Identificación molecular de microorganismos en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales en Costa Rica, 2009-2018. Parte 1

Meneses

2022

Agron. Mesoam.

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Introducción. El Laboratorio de Técnicas Moleculares aplicadas a la Fitoprotección (LTM), Centro de Investigación en Protección de Cultivos, Universidad de Costa Rica; recibe cultivos agrícolas, ornamentales y forestales para la identificación de microorganismos por medio de técnicas moleculares. Objetivo. Identificar con técnicas moleculares hongos, oomicetes y protozoa patogénicos y no patogénicos en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales de Costa Rica. Materiales y métodos. Entre los años 2009 y 2018, se recibieron partes de plantas (raíz, tallo, hojas, frutos) y otros materiales como agua, sustrato y suelo, de los cuales se obtuvieron 805 aislamientos para identificación de microorganimos por mediante técnicas de extracción de ADN, PCR en tiempo final y en tiempo real y secuenciación mediante marcadores moleculares. Resultados. La secuenciación permitió la identificación de un total de 154 especies de hongos, 6 oomicetos y 1 protozoa. Dentro de los hongos identificados predominaron géneros como Fusarium con catorce especies diferentes, seguidos de Colletotrichum y Aspergillus con once especies identificadas para cada uno. En los oomicetes, prevalecieron especies del género Phytophthora y dentro de los protozoa el género Plasmodiophora. Además, las referencias científicas que respaldan la presencia de los microorganismos identificados en un cultivo en particular, han sido incluidas dentro de la información. Conclusión. Fue posible identificar mediante técnicas moleculares especies de hongos, oomicetos y protozoa patogénicos y no patogénicos aislados de diferentes cultivos agrícolas, ornamentales y forestales en Costa Rica.

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Section: Discussionunclassified

Identificación molecular de microorganismos en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales en Costa Rica, 2009-2018. Parte 1

Meneses

2022

Agron. Mesoam.

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“…Freeze-dried leaf base samples (white tissue) were supplied to Diversity Arrays Pty Ltd for DArTseq marker development. Marker development followed the procedure described in Sanewski et al (2017). The methylation-sensitive restriction enzymes PstI and MseI were used to avoid highly repetitive regions that bias GWAS, and to reduce the genome complexity.…”

Section: Molecular Marker Developmentmentioning

confidence: 99%

DArTseq molecular markers associated with the piping leaf margin phenotype in pineapple (Ananas comosus L.)

Sanewski¹

2022

Tropical Plant Biol.

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This study sought to understand the genetic basis of the piping leaf margin phenotype in pineapple. To achieve this aim, a genome-wide association study (GWAS) using mixed linear regression and logistic regression analysis was conducted on three pineapple diversity panels including seedling populations segregating for spiny, spiny-tip and piping leaf margins. This study identified single nucleotide polymorphism (SNP) markers associated with the piping and spiny-tip leaf margin phenotypes. A broad quantitative trait locus (QTL) positioned on chromosome 23 between positions 240,475 and 2,369,197 bp was the most highly associated with piping leaf margin in all analyses. Major candidate genes proposed are a Zinc finger protein 2, a Zinc finger protein 3, a WUSCHEL-related homeobox 2, a WUSCHEL-related homeobox 1 and a Zinc finger protein CONSTANS-like. Some other genes of a lower association, linked or nearby genes of interest, are also considered potentially involved to varying degrees. All candidate genes are known to be involved in aspects of stem cell maintenance, cell proliferation, epidermal cell differentiation, organogenesis, leaf polarity, cell wall modification or hormone signalling. It is possible each plays a role in either differentiation or morphological aspects of the spiny-tip and piping leaf margin phenotypes. It is expected the relative role of each associated gene might vary with genetic background.

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DArTseq Molecular Markers Associated with the Spiny-Tip Leaf Margin in Pineapple (Ananas comosus L.)

Sanewski

2020

Tropical Plant Biol.

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DArTseq molecular markers for resistance to Phytophthora cinnamomi in pineapple (Ananas comosus L.)

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Identificación molecular de microorganismos en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales en Costa Rica, 2009-2018. Parte 1

Identificación molecular de microorganismos en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales en Costa Rica, 2009-2018. Parte 1

DArTseq molecular markers associated with the piping leaf margin phenotype in pineapple (Ananas comosus L.)

DArTseq Molecular Markers Associated with the Spiny-Tip Leaf Margin in Pineapple (Ananas comosus L.)

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