El aprovechamiento de desechos o biomasa para la producción de electricidad se ha planteado como una alternativa energética y ambiental en zonas urbanas y rurales. A escalas de generación menores a 75 kW, el uso de motores de combustión interna en modos de operación con combustión avanzada permite abordar desafíos de técnicos y de eficiencia que se encuentran cuando se utilizan combustibles gaseosos de origen renovable en tecnologías convencionales. El uso de herramientas de simulación numérica permite optimizar el desempeño de estas nuevas tecnologías, así como abordar y entender los fenómenos complejos que se dan al interior del cilindro motor. En este estudio se presenta el uso de una metodología numérica secuencial, CFD – cinética química detallada, para analizar la distribución térmica y másica de la carga previo a la ignición y desarrollo de la combustión en un motor diesel modificado operando con biogás a 1800 rpm, observándose cómo los patrones de flujo conducen a una acumulación de la carga en las zonas de mayor temperatura y con ello a cortas duraciones de la combustión aún para condiciones de combustión retrasada.