Desarrollo y validación de una reacción en cadena de la polimerasa múltiple para la identificación de los serogrupos B, C2, D y E de Salmonella enterica

Lavalett, Lelia; Sánchez, Miryan M; Muñoz, Nélida; Moreno, Jaime; Cardona-Castro, Nora

doi:10.7705/biomedica.v29i2.26

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“…Several PCR methods, both conventional and real time, have been reported for the identification of the O groups A, B, C1, C2, D, and E (20,21,41) and Salmonella enterica serovars, such as Enteritidis, Typhimurium, Typhi, Paratyphi A, and Paratyphi B (20,(22)(23)(24). A multiplex bead-based suspension array method has also been reported for the determination of common O groups of Salmonella isolates (25).…”

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confidence: 99%

Real-Time PCR Method for Detection of Salmonella spp. in Environmental Samples

Kasturi

Drgon

2017

Appl Environ Microbiol

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The methods currently used for detecting Salmonella in environmental samples require 2 days to produce results and have limited sensitivity. Here, we describe the development and validation of a real-time PCR Salmonella screening method that produces results in 18 to 24 h. Primers and probes specific to the gene invA, group D, and Salmonella enterica serovar Enteritidis organisms were designed and evaluated for inclusivity and exclusivity using a panel of 329 Salmonella isolates representing 126 serovars and 22 non-Salmonella organisms. The invA-and group D-specific sets identified all the isolates accurately. The PCR method had 100% inclusivity and detected 1 to 2 copies of Salmonella DNA per reaction. Primers specific for Salmonella-differentiating fragment 1 (Sdf-1) in conjunction with the group D set had 100% inclusivity for 32 S. Enteritidis isolates and 100% exclusivity for the 297 nonEnteritidis Salmonella isolates. Single-laboratory validation performed on 1,741 environmental samples demonstrated that the PCR method detected 55% more positives than the Vitek immunodiagnostic assay system (VIDAS) method. The PCR results correlated well with the culture results, and the method did not report any false-negative results. The receiver operating characteristic (ROC) analysis documented excellent agreement between the results from the culture and PCR methods (area under the curve, 0.90; 95% confidence interval of 0.76 to 1.0) confirming the validity of the PCR method.IMPORTANCE This validated PCR method detects 55% more positives for Salmonella in half the time required for the reference method, VIDAS. The validated PCR method will help to strengthen public health efforts through rapid screening of Salmonella spp. in environmental samples. KEYWORDS S. Enteritidis, environmental samples, Salmonella, validation of PCR method, real-time PCR Salmonella is one of the major causes of foodborne illnesses, with the U.S. Centers for Disease Control and Prevention (CDC) estimating that ϳ1.2 million cases of salmonellosis occur annually in the United States alone. Salmonella infections cause severe illness in infants, the elderly, and immunocompromised individuals. Most infections in humans result from eating contaminated food or drinking contaminated water. Sources of Salmonella infections include foods of animal origin, dairy products, pet food, fresh produce, and foods contaminated during processing. Moreover, Salmonella outbreaks following the consumption of eggs contaminated with Salmonella enterica serovar Enteritidis are relatively common (1).The expeditious detection of Salmonella species in food and environmental samples requires rapid, efficient, and validated methods. A number of conventional and realtime PCR methods have been reported for the detection of Salmonella in naturally or artificially contaminated food samples (2-9) and fecal samples (10). A few validation

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Real-Time PCR Method for Detection of Salmonella spp. in Environmental Samples

Kasturi

Drgon

2017

Appl Environ Microbiol

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Multiplex PCR for simultaneous genotyping of kdr mutations V410L, V1,016I and F1,534C inAedes aegypti(L.)

Villanueva-Segura

Ponce‐García

López-Monroy

et al. 2019

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BackgroundKnock down resistance (kdr) is the main mechanism that confers resistance to pyrethroids and DDT. This is a product of nonsynonymous mutations in the he voltage-gated sodium channel (VGSC) gene, these mutations produce a change of a single amino acid which reduces the affinity of the target site for the insecticide molecule. In Mexico, V410L, V1,016I and F1,534C mutations are common in pyrethroid-resistant Aedes aegypti (L.) populations.MethodsA multiplex PCR was developed to detect the V410L, V1,016I and F1,534C mutations in Ae. aegypti. The validation of the technique was carried out using wild populations previously characterized for the three mutations through allele-specific PCR (AS-PCR) and with different levels of genotypic frequencies.ResultsThe standardized protocol for multiplex endpoint PCR was highly effective in detecting 12 genotypes in five wild Ae. aegypti populations from Mexico. A complete concordance with AS-PCR was found for the simultaneous detection of the three kdr mutations.ConclusionsOur diagnostic method is highly effective for the simultaneous detection of V410L, V1,016I and F1,534C, when they co-occur. This technique represents a viable alternative to complement and strengthen current monitoring and resistance management strategies against Ae. aegypti.

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Avaliação de risco de infecção por Salmonella spp. associado ao uso agrícola de lodo de esgoto: risco de consumo de hortaliças e ao trabalhador

Krzyzanowski¹

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Avaliação de risco de infecção por Salmonella spp. associado ao uso agrícola de lodo de esgoto: Risco de consumo de hortaliças e ao trabalhador Introdução-A presença de Salmonella spp.,que é um patógeno de importância clínica, tem sido detectada em lodos de esgoto gerados ao redor do mundo. O objetivo desse estudo foi o de estimar o risco anual de infecção relacionado à ingestão de alface, tomate e cenoura cultivados em solos acondicionados com o lodos de esgoto provenientes de cinco Estações de Tratamento de Esgoto (ETEs) da Região Metropolitana de São Paulo bem como o risco de infecção anual que trabalhadores agrícolas, através da ingestão involuntária de partículas de solo, são submetidos. Como no Brasil ainda não há o estabelecimento de valor de risco tolerável, o valor usado pela USEPA, de 1/10.000 (10-4), foi utilizado para que a comparação com os resultados obtidos fosse realizada. Métodos-Foram coletadas 54 amostras de lodos de esgotos de cinco ETEs num período de 12 meses (janeiro a dezembro de 2011). A concentração de Salmonella spp nessas amostras foi obtida utilizando o método USEPA 1682/2006. Foram selecionadas 40 cepas isoladas e identificadas como Salmonella spp. para sorotipificação em laboratório de referência. Essas cepas foram submetidas à detecção dos genes de virulência invA, ssel e spvC, presença de plasmídeo por técnicas moleculares e ainda à resistência a antimicrobianos. Para a estimativa dos riscos anuais de infecção por Salmonella foram desenhados nove cenários diferentes considerando como fatores principais a presença ou ausência da variação da concentração de Salmonella spp. nos solos tratados com lodos de esgoto, a presença ou a ausência de crescimento desta bactéria nas hortaliças, a inibição do crescimento de Salmonella spp. nas cenouras e a ingestão involuntária de partículas de solo pelos trabalhadores agrícolas. Resultados-Cepas de Salmonella spp. estavam presentes em 38,9% (21/54) das amostras de lodos de esgoto analisadas. As maiores concentrações foram encontradas na ETE 2, sendo a maior delas de 12,19 NMP/g ST. Das 40 cepas selecionadas para sorotipificação 35 foram confirmadas como sorotipos de Salmonella comumente envolvidos em surtos alimentares e em casos clínicos como S. Typhimurium, S. Agona e S. Infantis. Destas, todas apresentaram o gene sseL e duas cepas de S. Typhimurium portavam os três genes de virulência pesquisados. Das 35 cepas 14 (40%) apresentaram plasmídeos e 14,2% (3/35) foram sensíveis a pelo menos dois antimicrobianos, 5,7% (3/35) foram identificadas como multi-droga resistentes (MDR). O maior risco anual de infecção foi obtido no cenário 9 para trabalhadores que aplicam lodos de esgoto nos solos (9,4x10-2) seguidos, em ordem decrescente, dos riscos de infecção para a ingestão de tomates e alfaces nos cenários 1 e 3 que consideravam o crescimento de Salmonella spp. nas hortaliças. Os menores riscos foram obtidos nos cenários 5 e 6 que envolviam o consumo de cenouras. Conclusões: Os riscos foram considerados elevados tendo em vista o valor utilizado como ...

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Desarrollo y validación de una reacción en cadena de la polimerasa múltiple para la identificación de los serogrupos B, C2, D y E de Salmonella enterica

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Real-Time PCR Method for Detection of Salmonella spp. in Environmental Samples

Real-Time PCR Method for Detection of Salmonella spp. in Environmental Samples

Multiplex PCR for simultaneous genotyping of kdr mutations V410L, V1,016I and F1,534C inAedes aegypti(L.)

Avaliação de risco de infecção por Salmonella spp. associado ao uso agrícola de lodo de esgoto: risco de consumo de hortaliças e ao trabalhador

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