Detection and expression analysis of recombinant proteins in plant‐derived complex mixtures using nanoUPLC‐MS^E

Abstract

The use of mass spectrometry to identify recombinant proteins that are expressed in total soluble proteins (TSPs) from plant extracts is necessary to accelerate further processing steps. For example, the method consists of TSP sample preparation and trypsin digestion prior to the preliminary characterization using nanoUPLC-MS(E) analysis of the recombinant proteins that are expressed in TSP samples of transgenic soybean seeds. A TSP sample as small as 50 μg can be effectively analyzed. In this study, transgenic soybean seeds that expressed recombinant cancer testis antigen (CTAG) were used. The procedure covered 30% of the protein sequence and was quantified at 0.26 ng, which corresponded to 0.1% of the TSP sample. A comparative proteomic profile was generated by the comparison of a negative control and sample that showed a unique expression pattern of CTAG in a transgenic line. The experimental data from the TSP extraction, sample preparation and data analysis are discussed herein.

Remodelamento metabólico de Paracoccidioides lutzii durante a privação de cobre determinado por análises proteômicas

“…As análises estatísticas entre as duas condições, controle (sem quelante MA, USA) que é utilizado na cromatografia líquida como normalizador/padrão interno da amostra (Gilar et al, 2005;Geromanos et al, 2009;Li et al, 2009;Murad et al, 2011).…”

“…servidor ProteinLynx Global Server (PLGS) versão 3.0 (Waters Corp) (Murad et al, 2011 proteínas e a determinação de pelo menos 1 peptídeo por proteína. A identificação das proteínas foi permitida com no máximo 4% de falso-positivo, com taxa de cobertura realizada em triplicata experimental.…”

“…A identificação das proteínas foi permitida com no máximo 4% de falso-positivo, com taxa de cobertura realizada em triplicata experimental. Para a análise e identificação das proteínas e nível de quantificação, a intensidade observada foi normalizada através do padrão interno utilizado (Murad et al, 2011).…”

“…A abordagem proteômica foi também realizada usando NanoUPLC-MS E como previamente descrito (Murad et al, 2011). Este método tem mostrado melhorar a acurácia da cobertura da proteína quando comparado com abordagem convencional LC-MS/MS (Murad et al, 2011).…”

“…Este método tem mostrado melhorar a acurácia da cobertura da proteína quando comparado com abordagem convencional LC-MS/MS (Murad et al, 2011).…”