Development and validation of the first SSR markers for Mimosa scabrella Benth.

Saiki, F A; Bernardi, Alison Paulo; Reis, Maurício Sedrez dos; Faoro, Helisson; Souza, Emanuel Maltempi de; Pedrosa, Fábio O.; Mantovani, Adelar; Guidolin, Altamir Frederico

doi:10.4238/gmr16019571

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“…Los avances realizados en "Next Generation Sequencing" (NGS) han proporcionado un nuevo escenario para la detección de microsatélites y en las últimas décadas se han desarrollado varios proyectos basados en NGS, generando una enorme cantidad de secuencias disponibles en bases de datos públicas (Vieira et al, 2016). En nuestro estudio se obtuvieron aproximadamente 128.000 secuencias SSR (el resto ~16.000 secuencias obtenidas fueron imperfectas) para G. decorticans mediante secuenciación NGS, lo cual constituyó un número elevado con respecto al número de secuencias SSR obtenidas en otras especies de la familia Fabaceae como Dalbergia odorifera (35.774 secuencias SSR; Liu et al, 2019) y Mimosa scabrella Benth (290 secuencias SSR; Saiki et al, 2017), y un número similar a Acacia koa (130.931 secuencias SSR; Lawson & Ebrahimi, 2018).…”

Section: Discussionunclassified

Desarrollo de nuevos loci de microsatélites para Geoffroea decorticans (Gillies ex Hook. & Arn.) Burkart

Diaz

Carevic

Aburto

et al. 2021

Bol. Soc. Argent. Bot.

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Introducción y objetivos: Una de las pocas especies de árboles adaptados a las condiciones ecológicamente limitantes del desierto de Atacama es Geoffroea decorticans, conocido como chañar. Es un valioso recurso multipropósito utilizado como alimento y producto medicinal. Sin embargo, aún no se han desarrollado marcadores de ADN codominantes específicos para esta especie que permitan realizar estudios genéticos en la especie. El objetivo del presente trabajo fue desarrollar y validar marcadores microsatélites (SSR) para G. decorticans, con el fin de analizar en el futuro su diversidad genética y estructura genética poblacional. M&M: Se buscaron marcadores SSR en el genoma de G. decorticans a partir del método Next-Generation Sequencing (NGS), y se validaron a través de treinta individuos distribuidos en diferentes localidades del norte de Chile. Resultados: Se identificó un total de ~144.117 loci de microsatélites y de ellos se usó un grupo de 41 pares de cebadores para la validación. Los fragmentos amplificados variaron de 106 pb a 225 pb, el número de alelos varió de 2 a 9, y el valor PIC de los 41 loci SSR osciló entre 0,32 y 0,86, con un promedio de 0,64. Conclusiones: Por primera vez se desarrollaron marcadores SSR putativamente neutros específicos de la especie G. decorticans con el fin de promover estudios genéticos para la conservación de la especie. El presente estudio provee 38 nuevos marcadores SSR polimórficos, los cuales podrían servir como una herramienta efectiva para estimar la diversidad genética, estructura genética y para ser empleados en programas de mejora.

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