Development of a TaqMan® PCR assay with internal amplification control for the detection of African swine fever virus

King, Donald P.; Reid, Scott M.; Hutchings, G.; Grierson, Sylvia S.; Wilkinson, Philip; Dixon, Linda K.; Bastos, Armanda D.S.; Drew, Trevor W.

doi:10.1016/s0166-0934(02)00189-1

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“…In the last decade, various PCR assays have been developed for the detection of ASFV [1,18,35,37] and of CSFV [16,17,19,23,30,38]. These assays provide novel diagnostic tools, but a disadvantage is the restricted ability to detect only a single virus, ASFV or CSFV.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

A highly sensitive and specific gel-based multiplex RT-PCR assay for the simultaneous and differential diagnosis of African swine fever and Classical swine fever in clinical samples

Agüero

Fernández²,

Romero

et al. 2004

Vet. Res.

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-The development and standardisation of a novel, highly sensitive and specific one-step hot start multiplex RT-PCR assay is presented for the simultaneous and differential diagnosis of African swine fever (ASF) and Classical swine fever (CSF). The method uses two primer sets, each one specific for the corresponding virus, amplifying DNA fragments different in length, allowing a gel-based differential detection of the PCR products. Universal detection of ASF and CSF virus strains was achieved through selection of primers in conserved viral genome regions. The detection range was confirmed by analysis of a large collection of isolates of the two viruses. The high specificity of the assay was proven by testing related viruses, uninfected cell line cultures and healthy pig tissues. Additional confirmatory tests of the ASF and CSF virus amplicon specificity, based on restriction endonuclease analysis with BsmA I or Ban II, respectively, are also described. The analysis of whole blood and serum samples from experimentally infected animals proved the usefulness of the method for an early diagnosis of both diseases, even before the appearance of the first clinical signs. A study of 150 positive field samples from several ASF and CSF outbreaks showed the suitability of this method for a rapid (less than five hours), sensitive and specific differential diagnosis in clinical samples. In addition, a highly sensitive and specific uniplex RT-PCR for CSFV was also developed and standardised as a powerful tool for fast and early diagnosis of the disease.

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Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

A highly sensitive and specific gel-based multiplex RT-PCR assay for the simultaneous and differential diagnosis of African swine fever and Classical swine fever in clinical samples

Agüero

Fernández²,

Romero

et al. 2004

Vet. Res.

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“…Por outro lado, permitem ainda o reconhecimento de diferentes tipos de genótipos virais, desde que haja variabilidade de técnicas. No caso do vírus da Peste Suína Africana, 22 genótipos já foram identificados (Bastos et al 2003). A OIE recomenda ainda outras duas técnicas de PCR, sendo uma convencional (Agüero et al 2003) e outra quantitativa (Fernandez-Pinero et al 2010).…”

Section: Discussionunclassified

“…A OIE adota em seus manuais a preconizada por King et al (2003), cuja técni-ca foi padronizada com base em sequências do gene da proteína VP72, do capsídeo viral, observadas em diversas amostras virais, de várias partes do mundo e de diferentes grupos genotípicos. Zsak et al (2005) também adotaram a proteína VP72 como alvo, desenvolvendo iniciadores próprios, e testando a viabilidade da técnica em avaliações pré-clínica, poucos dias após a infecção experimental em suínos.…”

Section: Introductionunclassified

Estudo comparativo e validação de três técnicas de PCR em tempo real (qPCR) para diagnóstico de Peste Suína Africana

et al. 2016

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Resumo: Este estudo verificou o desempenho de três técnicas de PCR quantitativa (Real-Time) para o diagnóstico de Peste Suína Africana, uma doença exótica no Brasil, a partir de amostras de tecidos. As três técnicas escolhidas baseiam-se na amplificação de sequências do gene da proteína viral VP72 e são preconizadas, cada uma, por laboratórios oficiais da OIE (PSA-OIE), dos Estados Unidos (PSA-USDA) e da União Europeia (PSA-EU), respectivamente. Oligonucleotídeos iniciadores e sondas de hidrólise marcadas com fluoróforos foram sintetizados conforme a literatura de referência consultada. Sequências-alvo do DNA viral foram inseridos em plasmídeo sintético, os quais serviram de controle positivo para a padronização das técnicas e otimização de reagentes, determinação dos limites de detecção e testes de verificação de desempenho. Para aferição de repetibilidade e reprodutibilidade das técnicas, as técnicas padronizadas foram repetidas em dias diferentes, por um segundo analista, com alteração no mix comercial de reagentes utilizado e em um equipamento diferente, e também por outro laboratório. Realizaram-se, ainda, provas de sensibilidade analítica com amostras de DNA viral de referência e especificidade analítica e diagnóstica, com amostras negativas. As técnicas de PSA-EU e PSA-USDA apresentaram-se mais vantajosas quanto ao consumo de iniciadores. Não houve diferenças significativas nos resultados quantitativos variando-se os dias dos ensaios, os analistas, os equipamentos e o mix de reagentes. As três técnicas apresentaram alta especificidade analítica e diagnóstica e sensibilidade diagnóstica. As três técnicas de qPCR mostraram-se eficazes para serem adotadas por um mesmo laboratório para emissão de diagnósticos oficiais de Peste Suína Africana.

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“…real-time polymerase chain reaction) (King et al, 2003, Tignon et al, 2011, OIE, 2012, Anonymous, 2006. Zudem wurden verschiedene Multiplex-PCRs entwickelt, welche verschiedenste Erreger, inklusive ASPV, simultan detektieren können (Wernike et al, 2013, Haines et al, 2013, Giammarioli et al, 2008.…”

Section: Labordiagnostik Und Bekämpfungsstrategienunclassified

3.3 Afrikanische Schweinepest

Mayr¹

2007

Medizinische Mikrobiologie, Infektions- Und Seuchenlehre

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Development of a TaqMan® PCR assay with internal amplification control for the detection of African swine fever virus

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A highly sensitive and specific gel-based multiplex RT-PCR assay for the simultaneous and differential diagnosis of African swine fever and Classical swine fever in clinical samples

A highly sensitive and specific gel-based multiplex RT-PCR assay for the simultaneous and differential diagnosis of African swine fever and Classical swine fever in clinical samples

Estudo comparativo e validação de três técnicas de PCR em tempo real (qPCR) para diagnóstico de Peste Suína Africana

3.3 Afrikanische Schweinepest

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