Helicobacter pylori é uma bactéria Gram-negativa, pleomórfica e flagelada. Estima-se que o microrganismo infecte cerca de 50% da população global acima de 40 anos, o que a torna uma das infecções bacterianas mais comuns em todo o mundo. O principal sintoma é a dispepsia, definida como dor persistente ou recorrente e/ou desconforto no abdome central e superior. A infecção a longo prazo pode causar doenças como gastrite crônica, úlceras pépticas, linfomas gástricos e câncer gástrico, e ainda há muitas dificuldades em seu rastreio e manejo precoce, tais quais: Países com recursos limitados; baixos índices socioeconômicos; desinformação e negligência por parte da população para com os sintomas dispépticos. Segundo o quarto consenso brasileiro sobre H. Pylori, a análise histológica é considerada o padrão ouro, devendo-se fazer a pesquisa do H. Pylori durante cada endoscopia digestiva alta (EDA), em pacientes acima de 40 anos com sintomas dispépticos refratários a prova terapêutica, e pacientes de qualquer idade com sinais de alarme. O objetivo do trabalho foi buscar na literatura os desafios para o diagnóstico da infecção por H. Pylori e as indicações para realização da biópsia gástrica. Trata-se de uma revisão da literatura, cujo levantamento dos artigos científicos foi realizado nas bases de dados Scielo e BVS nos últimos 5 anos. A infecção por H. pylori é mais prevalente em países subdesenvolvidos, onde os fatores de risco para a infecção atrelados à falta de condições para o diagnóstico precoce impedem a prevenção de complicações, piorando o prognóstico. Para diagnosticar pode ser feito uso de métodos invasivos e não-invasivos, cada um diferenciando-se em aspectos como sensibilidade, especificidade, condição clínica, disponibilidade e custo. Os métodos invasivos são aqueles que envolvem a EDA para a realização de biópsia gástrica. Assim é necessário esclarecer o rastreio e diagnóstico correto da infecção, levando em consideração o principal método diagnóstico, que é a biópsia gástrica, assim como expor as consequências, caso isto não seja realizado.