Dnases and Their Use in the Studies of Primary Structure of Nucleic Acids

Laskowski, M.

doi:10.1002/9780470122747.ch4

Cited by 17 publications

(3 citation statements)

References 200 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Nucleases can be divided into categories based on different characteristics including their substrate cleavage properties and/or their biological functions, their biochemical mechanisms, or their sequences, fold and active site structure [75]. Indeed, many attempts were done to classify nucleases [76][77][78]. To refine the classification, adapting consensus criteria was suggested several decades ago.…”

Section: Definition and Characteristicsmentioning

confidence: 99%

Nuclease Activity as a Biomarker in Cancer Detection

Balian

2023

Linköping Studies in Science and Technology. Dissertations

View full text Add to dashboard Cite

Nucleases are a group of enzymes that cleave the phosphodiester bonds in nucleic acids. As such, nucleases act as biological scissors that exhibit a plethora of fundamental roles, in prokaryotes and eukaryotes, dependent or non-dependent on their catalytic capability. Thus, differential status of nucleases between healthy and disease conditions might not be surprising, and can be deployed in disease detection. Specifically, there is growing body of research demonstrating the potential of nucleases as diagnostic biomarkers in several types of cancer. Biomarkers for early diagnosis are an immense need in the diagnostic landscape of cancer. In this sense, nucleases are promising biomolecules, and they possess a unique feature of catalytic activity that could be deployed for diagnosis and future therapeutic strategies. In this thesis we aim to demonstrate the use of nucleases as biomarkers associated to cancer, and the capability of oligonucleotide substrates for targeting a specific nuclease.xiii I am deeply grateful to my lovely family, my supporter in all my endeavors. Thank you, Mom, Dad and Alexan for all your love, encouragement and believing in me. Mom, I deeply appreciate your unlimited love and care for me and Ella, and I am beyond thankful for always being there when I needed time to focus on my work and writing.I want to give a big thanks to my husband Rami for encouraging me to take this path, and for his love and support all the way. I am lucky and beyond grateful for having you by my side. Big thanks also to my daughter Ella who opened my heart to new horizons of love. Thank you for being my sweetest supporter ever, especially when you say "Jag vill bli som du mamma". And I want to say what I always tell you: Jag älskar dig så mycket. Norrköping, December 2022 Alien Balian xv Papers Included in the Thesis I. Nucleases as Molecular Targets for Cancer Diagnosis Balian A., Hernandez FJ. Biomark Res., (2021), 9(1):86.Author's contribution: AB has conducted literature search, written all the sections, made the initial design of the figures and responded to the reviewers' comments to edit the paper.

show abstract

Section: Definition and Characteristicsmentioning

confidence: 99%

Nuclease Activity as a Biomarker in Cancer Detection

Balian

2023

Linköping Studies in Science and Technology. Dissertations

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…They are able to hydrolyze the phosphodiester bonds present in DNA and RNA. During the years, nucleases classification criteria have been discussed [1][2][3][4][5][6] . However, it was difficult to establish a valid absolute scheme, because nucleases are a large and complex class, which comprises multifunctional enzymes.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Hybrid nanosensor for colorimetric and ultrasensitive detection of nuclease contaminations

2016

View full text Add to dashboard Cite

Nucleases are ubiquitous enzymes that degrade DNA or RNA, thus they can prejudice the good outcome of molecular biology experiments involving nucleic acids. We propose a colorimetric test for the naked-eye detection of nuclease contaminations. The system uses an hybrid nanosensor, based on gold nanoparticles functionalized with DNA probes. Our assay is rapid, instrument-free, simple and low-cost. Moreover, it reaches sensitivity equal or better than those of commercial kits, and presents a lot of advantageous aspects. Therefore, it is very competitive, with a real market potential. This test will be relevant in routine process monitoring in scientific laboratories, and in quality control in clinical laboratories and industrial processes, allowing the simultaneous detection of nucleases with different substrate specificities and large-scale screening.

show abstract

“…2003). (1975), βασιζόµενος σε προηγούµενες προσπάθειες του Laskowski (1967). Την ταξινόµηση αυτή συµπλήρωσε ο Wilson το 1982.…”

Section: αναστολείς αιθυλενίου (Agno 3 Ag 2 So 4 Cocl 2 )unclassified

Παράγοντες που καθορίζουν την οργανογένεση in vitro σε τρία υποκείμενα εσπεριδοειδών

Tzatzani¹,

Τζατζάνη²

View full text Add to dashboard Cite

Τα εσπεριδοειδή αποτελούν μια καλλιέργεια μεγάλης οικονομικής σημασίας τόσο για την ελληνική όσο και για την παγκόσμια οικονομία. Τα κατάλληλα υποκείμενα είναι η πρώτη από μια σειρά επίλογων που θα διασφαλίσουν μια ποιοτική και υψηλή παράγωγη. Σκοπός της διατριβής ήταν η διερεύνηση του μικροπολλαπλασιασμού τριών υποκειμένων εσπεριδοειδών, της Τρίφυλλης πορτοκαλιάς, της Νεραντζιάς και του Citrumelo. Για την επίτευξη του παραπάνω σκοπού εξετάστηκε αρχικά η ενζυμική δραστηριότητα των νουκλεολυτικών ένζυμων και των κινασών των διφωσφονουκλεοζιτών σε σπέρματα με σκοπό το διαχωρισμό εγγενών και απομικτικών αποροφύτων. Στην προσπάθεια χαρακτηρισμού του φυτικού υλικού ως εγγενούς ή απομικτικού παρατηρήθηκαν λιγότερες ισομορφές DNασών σε σχέση με απομικτικά σπορόφυτα σε κοτυληδόνες από σπέρματα Τρίφυλλης πορτοκαλιάς και Νεραντζιάς. Όσο αφορά την ενδογενή πρωτεϊνική φωσφορυλίωση διαπιστώθηκαν διαφορές στον αριθμό και την ένταση των πεπτιδικών ζωνών των NDP κινασών. Για να μελετηθεί πως επιδρούν οι παράγοντες του υποστρώματος και οι ρυθμιστές αύξησης στην οργανογένεση, βλαστικές κορυφές εγκαταστάθηκαν σε θρεπτικό υπόστρωμα MS που περιείχε διαφορετικές συγκεντρώσεις ρυθμιστών άγαρ σακχαρόζης και τιμές pH. Και στα τρία υποκείμενα μόνο ορισμένες παράμετροι επηρεάστηκαν θετικά από τις διαφορετικές μεταχειρίσεις. Μελετήθηκε επιπλέον η οργανογένεση από έκφυτα επικοτύλης, ώριμους βλαστούς, ώριμα φύλλα και ρίζες με θετικά αποτελέσματα σε κάποιες μεταχειρίσεις. Συγκεκριμένα η επίδραση ρυθμιστών αύξησης προκάλεσε το σχηματισμό πράσινων σφαιρικών σωματίων και βλαστογένεση σε ριζικά έκφυτα Τρίφυλλης πορτοκαλιάς και Citrumelo. Πραγματοποιήθηκε επιπλέον ανατομική μελέτη στα ριζικά έκφυτα των τριών υποκείμενων για να προσδιοριστεί η επίδραση διαφορετικών μεταχειρίσεων στην οργανογένεση. Παρατηρήθηκαν διαφορές στην ανατομία της ρίζας (δευτερογενής αύξηση σε σχέση με τους μάρτυρες). Επιπλέον διαπιστώθηκε πως τα σφαιρικά σωμάτια αποτελούνται από παρεγχυματικά κύτταρα και πολλαπλασιάζονται μεταξύ τους με μιτωτική διαίρεση. Επίσης εξετάστηκε η ενζυμική δραστηριότητα στα σφαιρικά σωμάτια και προέκυψε πως οι ρυθμιστές αύξησης επηρέασαν τον αριθμό ισόμορφων των DNασών και τη δράση των NDP κινασών με αποτέλεσμα το σχηματισμό διαφορετικών πεπτιδικών ζωνών και διαφορετικής έντασης. Απώτερος στόχος της διατριβής ήταν η απάντηση βιοχημικών και ανατομικών ερωτημάτων καθώς και η διατύπωση ενός ενδεδειγμένου πρωτοκόλλου εργασίας για το μικροπολλαπλασιασμό των τριών υποκειμένων, που θα έχει πρακτική άξια στον εμπορικό πολλαπλασιασμό τους. Ο προσδιορισμός των κατάλληλων συνθηκών για τη μαζική παράγωγη τους αποκτά σημαντική άξια, καθώς εμφανίζουν επιθυμητά χαρακτηριστικά και χρησιμοποιούνται ευρέως.

show abstract

Dnases and Their Use in the Studies of Primary Structure of Nucleic Acids

Cited by 17 publications

References 200 publications

Nuclease Activity as a Biomarker in Cancer Detection

Nuclease Activity as a Biomarker in Cancer Detection

Hybrid nanosensor for colorimetric and ultrasensitive detection of nuclease contaminations

Παράγοντες που καθορίζουν την οργανογένεση in vitro σε τρία υποκείμενα εσπεριδοειδών

Contact Info

Product

Resources

About