Con el fin de detectar cambios en las comunidades nativas de macroinvertebrados marinos de la bahía de Cartagena, durante 2018 y 2019 se realizaron levantamientos biológicos en diferentes épocas climáticas, en siete sustratos artificiales (boyas). Fueron raspadas áreas de organismos incrustantes de 30x30 cm, fijadas y, posteriormente, analizadas en el laboratorio. Se identificaron un total de 9563 individuos distribuidos en 57 taxa, dentro de los cuales se confirmó la presencia del bivalvo Perna viridis, especie originaria del Indo-Pacífico y registrada para la región como organismo bioinvasor. El 79 % de la abundancia de organismos lo conformaron dos morfotipos de mitílidos (Mytella charruana y M1) y tres especies de cirrípedos (Amphibalanus amphitrite, Amphibalanus reticulatus y Amphibalanus eburneus). La asociación de las variables ambientales con la composición y abundancia de organismos mediante el análisis de componentes principales y funciones empíricas ortogonales estandarizadas, permitió evidenciar cambios en la comunidad de macroinvertebrados entre los monitoreos realizados, así como diferencias entre profundidades, donde se evidencia una mayor variación en las estaciones que se ven más influenciadas por la descarga de aguas continentales, así como la influencia de aguas oceánicas en las áreas de mayor intercambio en la bahía; aspecto que probablemente responde a las variaciones estacionales del área de estudio y la estabilidad de la comunidad en la columna de agua.